Objetivo: Estimar el financiamiento y costo unitario en la capacitación a largo plazo de los profesionales de salud en el Perú. Métodos: Se realizó una evaluación económica parcial (análisis de costos) desde la perspectiva del financiador público. Para el financiamiento se muestra reportes por categorías presupuestales y programas presupuestales del sector salud, los datos se obtuvieron a través del Sistema Integrado de Administración Financiera del Ministerio de Economía y finanzas (SIAF-MEF) entre los años 2016-2018. En relación al análisis de costo se estimó con la metodología de costeo por absorción. Los datos se obtuvieron del Sistema Integrado de gestión Administrativa (SIGA)-modulo logístico para obtener los precios de los insumosy del aplicativo Informático de Recursos Humanos de Servidores Públicos (AIRHSP) para los sueldos de los recursos humanos. Resultados: Financiamiento que hace el país en relación a capacitación se estima en 27 millones de soles para el año 2016, y se reduce a 20 millones de soles para el año 2018. El costo per cápita para diplomados fue de S/.12 661 (USD 3 836) y para la especialización fue de S/. 23 356 (USD 7 077). Conclusión: el financiamiento en la formación del recurso humano en salud es vital para el logro de los objetivos sanitarios en el Perú. Sin embargo existe una disminución del presupuesto destinado a actividades de capacitación en los últimos 3 años.