El compromiso social de las instituciones de educación superior de contribuir al desarrollo y bienestar de las sociedades lo cumple a través del perfil académico de sus egresados, lo cual implica la puesta en marcha de múltiples actividades inherentes a sus funciones sustantivas como la docencia e investigación pero también otras encaminadas a la evaluación a través de sus indicadores. Sin embargo, se reconoce que existen factores psicológicos y sociológicos que inciden en el comportamiento de los diversos agentes universitarios con la respectiva repercusión en la calidad educativa. Por ello, el objetivo de la presente investigación fue evaluar el clima organizacional en la Escuela Maya de Estudios Agropecuarios  de la Universidad Autónoma de Chiapas en México y su impacto en el Sistema de Gestión de Calidad Institucional. La muestra para sustentar el estudio fue de 111 actores educativos. El enfoque  de la investigación fue mixto y la validez de los instrumentos se realizó a través del Coeficiente Alfa de Cronbach cuyos resultados en las dimensiones de análisis oscilaron entre 0.898 y 0.95. Los resultados reflejaron que los factores que afectan en mayor proporción el clima organizacional son: el confort, la motivación, identidad, comunicación, estructura, toma de decisiones, liderazgo, recompensa, innovación y cooperación en la solución de conflictos. El 24% considera que su contribución y labor de desempeño es valorada por todos los agentes educativos, mientras que el 48% considera que sus directivos carecen de capacidades gerenciales.