Makarnalık buğday ıslah çalışmalarında kalite verim ve hastalıklara dayanıklılık önemli ıslah hedefleridir. Bu çalışmada, Türkiye'de belli bir ekim alanına sahip Ege 88 çeşidi ile bazı hastalık ve kalite özellikleri bakımından iyi olduğu bilinen B27 yerel makarnalık buğday çeşidinin resiproklu olarak melezlenmesiyle elde edilen ve F4 döl kuşağına getirilen, ebeveynlerle beraber toplam 39 genotip, mumsuluk (Wx-A1), kara pas (Sr49), gluten mukavemeti (Glu-B1), yüksek protein oranı (Gpc-B1), çavdar translokasyonu (1AL.1RS), vernelizasyon (Vrn-A1) ve bin dane ağırlığı özelliklerine ait allel spesifik markörler ile karakterize edilmiştir. Araştırmada kullanılan 39 makarnalık buğday genotipi sekiz allel spesifik DNA primeri ile taranmış ve 56 adet polimorfik bant elde edilmiş ve bu data kullanılarak genotiplerin genetik mesafeleri belirlenmiştir. Ortalama bant sayısı 7 olarak bulunurken, en çok bant üreten markör 15 bant ile Sun 479, en az bant üreten markör bir bant ile Bx 7OE markörü olmuştur. Ortalama polimorfizm bilgi içeriği (PIC) değeri 0.875 olarak hesaplanmıştır. En yüksek PIC değeri 0.99 ile SUN1, SUN479, Bx 7OE , RIS ve VRN1 markörlerinden, en düşük PIC değeri ise 0.39 ile UHW89 marköründen elde edilmiştir. Elde edilen markör verileri ile oluşturulan dendrograma göre, Ege 88 × B27_3 genotipinin diğerlerinden genetik olarak uzak olduğu ve Ege 88 × B27_7-Ege 88 × B27_8 ve B27 × Ege 88_5-B27 × Ege 88_6 genotipleri ise % 100 benzer bulunmuştur. Makarnalık buğday genotiplerinde mumsuluk (Wx-A1), kara pas (Sr49), yüksek protein oranı (Gpc-B1), gluten mukavemeti (Glu-B1) ve çavdar translokasyonları (1AL.1RS) ile ilgili alleller tespit edilirken, vernelizasyon (Vrn-A1) ve bin tane ağırlığı ile ilgili beklenen uzunluklarda bant elde edilememiştir.