RESUMO Este trabalho teve como objetivo a caracterização morfogenética de dez isolados de Alternaria alternata f. sp. citri coletados no estado da Paraíba e avaliar a reação de cinco genótipos de tangerineira inoculados com A. alternata f. sp. citri. O experimento foi realizado na Universidade Federal da Paraíba. Dez isolados de A. alternata foram avaliados quanto à produção de conídios, índice de velocidade de crescimento micelial e crescimento micelial final. As inoculações de A. alternata foram em folhas destacadas e em mudas de tangerineiras de cinco genótipos, Tangelo Robinson’, Tangerina ‘Clementina’, Tangerina ‘Nova’, Tangerina ‘Lee’ e Tangerina ‘Swatow’ e em frutos de tangerineira cv. “Dancy”. Na inoculação das mudas foi utilizado o isolado 7, de Lagoa seca-PB que apresentou as melhores características morfológicas. As avaliações foram realizadas 48h após a inoculação do patógeno, utilizando uma escala de notas. Os isolados 2 e 7 apresentaram maior velocidade de crescimento micelial e os isolados 6 e 7 causaram maior severidade da doença em frutos de cv. ‘Dancy’. Sete grupos divergentes de A. alternaria f. sp. citri foram obtidos pelo marcador ISSR. Os genótipos ‘Tangelo Robinson’, Tangerina ‘Swatow’ e Tangerina ‘Nova’ apresentaram maior resistência a Mancha Marrom de Alternaria nas condições desse trabalho.