El treball en contextos rellevants que proposa l'Aprenentatge Basat en Projectes, implica que, a més dels continguts científics, el projecte recluti continguts d'altres matèries. Aquesta interdisciplinarietat té una gestió complexa que, d'altra banda, permet projectes més connectats al món real. En aquest article, es descriuen 5 projectes de diferents àmbits de la ciència (astronomia, diversitat biològica, genètica, histologia) que s'han desenvolupat de forma interdisciplinària en funció de les necessitats i oportunitats didàctiques de diversos contextos, incloent museus, criminologia, gestió d'espais urbans i col•laboració amb institucions externes.