Objetivo. Caracterizar genéticamente los ovinos criollos colombianos y sus relaciones con razas de origen europeo. Materiales y métodos. 261 muestras de sangre de las siguientes poblaciones, fueron colectadas: Criollos de Lana (CL), Mora Colombiana (MC), Criollo de Pelo (CP), mestizos (Mes), Hampshire (Hamp), Corriedale (Corr), Katahdin (Kath), Pelibuey (Pel), En 40 fincas de ocho departamentos (Córdoba, Magdalena, Cesar, Atlántico, Valle del Cauca, Nariño, Boyacá y Tolima) y 30 muestras de Merino Español (ME), Merino Precoz (MP), Merinofleischschaf (MF), Segureño (Seg) y Uda (UD) de Nigeria. Un total de 15 marcadores microsatélites fueron incluidos en este estudio. Resultados. En ovinos criollos, el número promedio de alelos encontrado fue 6.20±1.48 (CL), 7.27±1.39 (CP) y 3.60±1.55 (MC); hallándose también alta diversidad genética en ellos (heterocigosidades superiores al 75%), valores negativos en el FIS revelaron alto grado de introgresión; además el FST reveló estructura genética tanto en los grupos criollos (FST=0.02**), como en los departamentos muestreados (FST=0.039**). Según la distancia genética, los ovinos criollos colombianos presentan diferencias con los ovinos foráneos. Conclusiones. Los resultados obtenidos recomiendan proteger la ovinocultura criolla puesto que se encuentra amenazada por los constantes cruzamientos con razas foráneas, lo que conllevaría a pérdida de la identidad genética y de los rasgos de adaptación propios de los animales criollos.