Recent studies suggest that gut microbiomes of urban-industrialized societies are different from those of traditional peoples. Here, we examine the relationship between lifeways and gut microbiota through taxonomic and functional potential characterization of fecal samples from hunter-gatherer and traditional agriculturalist communities in Peru, and an urban-industrialized community from the US. We find that in addition to taxonomic and metabolic differences between urban and traditional lifestyles, hunter-gatherers form a distinct sub-group among traditional peoples. As observed in previous studies, we find that Treponema are characteristic of traditional gut microbiomes. Moreover, through genome reconstruction (2.2–2.5 MB, coverage depth 26-513×) and functional potential characterization, we discover these Treponema are diverse, fall outside of pathogenic clades, and are similar to Treponema succinifaciens, a known carbohydrate metabolizer in swine. Gut Treponema are found in non-human primates and all traditional peoples studied to date, suggesting they are symbionts lost in urban-industrialized societies.

Objetivos. Determinar la prevalencia de infección y de sobreprotección para virus hepatitis B (HVB) en niños indígenas residentes en tres cuencas de la Amazonía peruana. Materiales y métodos. Se realizó un estudio transversal analítico en tres cuencas hidrográficas (ríos Pastaza, Morona y Bajo Urubamba), donde habitan seis pueblos indígenas: shapra, candoshi, machiguengas, yine, ashaninka y nanti. Se incluyeron niños menores de 5 años. Se aplicó una encuesta y revisión del carné de vacunación, y se obtuvo una muestra de suero que se procesó con la técnica de ELISA para detectar HBsAg, anti-HBc total y anti-HBs, definiendo "niños seroprotegidos" si fueron reactivos al anti-HBs y no reactivos al anti-HBc. Resultados. Se incluyó un total de 742 niños menores de 5 años residentes en seis comunidades indígenas, donde 380 (51,2%) eran varones y 169 (22,9%) de un año a menos. Sobre la vacunación contra HVB registrado por carné, solo 434 (58,5%) había recibido tres dosis; 208 (38,8%) recibieron la primera dosis en las primeras 24 h. No se detectaron casos con HBsAg. El 88,8% de los niños había seroconvertido, con variaciones según la población indígena entre 67 a 100% de seroconversión. Conclusiones. No se detectaron casos de infección crónica para HVB en la población evaluada. La cobertura de la vacunación mediante revisión del carné es baja en contraste el promedio de seroconversión que es alto.