Spatial and temporal patterns of plankton ciliates species composition in the Paraná River floodplain were investigated. Samplings were carried out in twelve environments in two distinct hydrological periods (limnophase and potamophase). A total of 61 species of ciliates were recorded, and among them 21 are classified as pelagic while 40 are considered preferentially as littoral species. The registered species belong to eleven orders, and among them, Prostomatida was the most specious followed by Hymenostomatida and Peritrichida. The ciliate species composition was significantly distinct between periods, but not among environments. In this way, typically pelagic species characterized the ciliate community during the limnophase period, while the littoral species were predominant during the potamophase period. Our results strongly support the idea of the flood pulse as the main factor driving the composition pattern of the planktonic ciliates community in the Paraná River floodplain.Keywords: planktonic ciliates, species composition, floodplain, Paraná River.Padrões espaciais e temporais da composição de espécies de ciliados (Protozoa: Ciliophora) no plâncton da planície de inundação do Alto Rio Paraná ResumoNo presente estudo foram investigados os padrões espaciais e temporais da composição de espécies de ciliados planctônicos na planície de inundação do Alto Rio Paraná. As amostras foram obtidas em 12 ambientes, em dois períodos hidrológicos distintos (limnofase e potamofase). Foram registradas 61 espécies de ciliados entre as quais 21 foram classificadas como pelágicas enquanto 40 foram consideradas preferencialmente litorâneas. As espécies registradas pertencem a 11 ordens, sendo Prostomatida foi a mais especiosa, seguida por Hymenostomatida e Peritrichida. A composição de espécies de ciliados foi significativamente distinta entre os períodos hidrológicos, enquanto que entre os ambientes, diferenças na composição não foram evidenciadas. Dessa forma, espécies tipicamente pelágicas caracterizaram a comunidade de ciliados na limnofase, enquanto que espécies litorâneas foram preponderantes para a composição de ciliados na potamofase. Os resultados suportam a idéia do pulso de inundação como principal fator controlador dos padrões de composição da comunidade de ciliados planctônicos na planície de inundação do Alto Rio Paraná.Palavras-chave: ciliados planctônicos, composição de espécies, planície de inundação, Rio Paraná. Pauleto, GM. et al. 518

While the biodiversity and biogeography of protists inhabiting many ecosystems have been intensely studied using different sequencing approaches, tropical ecosystems are relatively under-studied. Here we sampled planktonic waters from 32 lakes associated with four different river-floodplains systems in Brazil, and sequenced the DNA using a metabarcoding approach with general eukaryotic primers. The lakes were dominated by the largely free-living Discoba (mostly the Euglenida) and Ciliophora unlike previously sampled Neotropical environments, but the community similarities between samples were likewise low. These protists inhabiting these floodplains potentially form part of the large diversity of unknown diversity in the tropics.