Gaussian accelerated molecular dynamics (GaMD) is a robust computational method for simultaneous unconstrained enhanced sampling and free energy calculations of biomolecules. It works by adding a harmonic boost potential to smooth biomolecular potential energy surface and reduce energy barriers. GaMD greatly accelerates biomolecular simulations by orders of magnitude. Without the need to set predefined reaction coordinates or collective variables, GaMD provides unconstrained enhanced sampling and is advantageous for simulating complex biological processes. The GaMD boost potential exhibits a Gaussian distribution, thereby allowing for energetic reweighting via cumulant expansion to the second order (i.e., “Gaussian approximation”). This leads to accurate reconstruction of free energy landscapes of biomolecules. Hybrid schemes with other enhanced sampling methods, such as the replica‐exchange GaMD (rex‐GaMD) and replica‐exchange umbrella sampling GaMD (GaREUS), have also been introduced, further improving sampling and free energy calculations. Recently, new “selective GaMD” algorithms including the Ligand GaMD (LiGaMD) and Peptide GaMD (Pep‐GaMD) enabled microsecond simulations to capture repetitive dissociation and binding of small‐molecule ligands and highly flexible peptides. The simulations then allowed highly efficient quantitative characterization of the ligand/peptide binding thermodynamics and kinetics. Taken together, GaMD and its innovative variants are applicable to simulate a wide variety of biomolecular dynamics, including protein folding, conformational changes and allostery, ligand binding, peptide binding, protein–protein/nucleic acid/carbohydrate interactions, and carbohydrate/nucleic acid interactions. In this review, we present principles of the GaMD algorithms and recent applications in biomolecular simulations and drug design. This article is categorized under: Structure and Mechanism > Computational Biochemistry and Biophysics Molecular and Statistical Mechanics > Molecular Dynamics and Monte‐Carlo Methods Molecular and Statistical Mechanics > Free Energy Methods

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Este artigo está licenciado sob forma de uma licença Creative Commons Atribuição 4.0 Internacional, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que a publicação original seja corretamente citada. http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.pt_BR http://dx.doi. org/10.15448/1984-7726.2017.1.25419 Efeito da língua, estilo de elocução e sexo do falante sobre medidas globais da frequência fundamental 1 Resumo: Analisamos o efeito do sexo, do estilo de elocução e da língua (alemão, estoniano, francês, inglês, italiano, português e sueco) sobre estimadores de tendência central e dispersão da frequência fundamental da fala. Os estilos são entrevista, leitura de frases e de palavras. As línguas diferem entre si em termos do valor típico de F0 usado por seus falantes. O estilo leitura de frases apresenta valores maiores do que a entrevista, mas o efeito não é uniforme entre as línguas. Diferenças significativas entre o estilo leitura de palavras e entrevista são mais raros. Todos os estimadores de tendência central estudados sofreram efeitos dos três fatores testados. Os homens apresentaram variabilidade de F0 ligeiramente maior do que as mulheres de forma significativa em três de cinco estimadores. O estilo entrevista tem maior variabilidade em dois. As línguas não diferem em termos de variabilidade de F0. Palavras-chave: Frequência fundamental; Fonética acústica; Estilos de fala; SociofonéticaAbstract: We analyze the effect of speaker sex, speaking style and language (English, Estonian, French, German, Italian, Portuguese, Swedish) on global statistical measures of the voice fundamental frequency. The styles studied are interview, sentence reading and word list reading. Typical F0 values used by speakers among languages differ both in male and female speakers. Sentence reading has slightly higher values than interview, but the effect is not uniform among languages. In few cases word reading and interview values differ significantly. All central tendency estimators are affected by the variables tested. Three out of five estimators of dispersion show slightly higher values for male than for female speakers. Among styles, the interview has higher standard deviation and coefficient of variation. Languages do not differ among themselves in terms of F0 variability.

OBJETIVO: Descrever o julgamento de concretude de um conjunto de 162 palavras da Língua Portuguesa, visando a elaboração de um teste de reconhecimento de fala, bem como verificar a influência de variáveis como frequência de ocorrência das palavras, idade e série do curso de graduação dos participantes neste julgamento. MÉTODOS: Cinquenta estudantes universitários de um curso de Fonoaudiologia de uma universidade pública julgaram 162 palavras quanto à concretude, por meio de uma escala de sete pontos, sendo o menor grau de concretude representado pelo número um e o grau de concretude máximo, representado pelo número sete. Foi permitido ao sujeito escolher qualquer ponto da escala. RESULTADOS: Os resultados mostraram uma distribuição tri-modal, sugerindo que as palavras fossem classificadas em três categorias quanto ao grau de concretude. A faixa de julgamento das palavras de baixa concretude variou de 1,76 a 3,45, as de média concretude, na faixa de 3,46 a 4,95 e as de alta concretude, de 4,96 e até 6,70. Houve correlação positiva entre o grau de concretude das palavras e o coeficiente de variação de forma que, quanto maior a nota atribuída para a palavra, menor foi a variação de respostas. Não ocorreu correlação significativa entre a frequência de ocorrência das palavras e o julgamento de concretude. A influência da idade e da série do curso de graduação no julgamento foi significativa para algumas correlações. CONCLUSÃO: Os resultados revelaram três categorias quanto ao grau de concretude e sugerem que a concretude pode ser considerada um atributo independente das palavras, uma vez que a frequência de ocorrência das palavras, bem como a idade e a série do curso de graduação dos participantes não influenciou o julgamento de concretude. As palavras categorizadas com alto grau de concretude foram utilizadas em etapas posteriores da elaboração de um teste de reconhecimento de fala.