Introducción: La hipoglicemia es una de las patologías metabólicas más frecuentes en el periodo neonatal, que aumentan la morbi-mortalidad en el recién nacido y que puede dejar secuelas de forma permanente; sin embargo, podría ser prevenida o diagnosticada y tratada tempranamente. El objetivo del presente estudio fue determinar los factores asociados a hipoglicemia neonatal, en recién nacidos del servicio de neonatología en un hospital público en Cuenca-Ecuador. Métodos: El presente estudio de casos y controles realizó en el Hospital Vicente Corral Moscoso, en Cuenca-Ecuador, de enero del 2018 a diciembre del 2019. Pareados por edad gestacional, sexo y residencia materna. En los casos ingresaron pacientes con diagnóstico de hipoglicemia durante los primeros 7 días de vida. Los controles no presentaron hipoglucemia. La muestra se tomó por conveniencia. La variable dependiente fue hipoglicemia neonatal. Las variables independientes fueron: Diabetes gestacional, Diabetes Mellitus tipo II sin control de la enfermedad, Pequeño para la edad gestacional, Macrosómico, Síndrome de dificultad respiratoria, Restricción del crecimiento intrauterino. La asociación se cuantificó mediante Odds Ratio con un Intervalo de Confianza del 95%. Resultados: Fueron 101 casos y 202 controles homogéneos en edad gestacional, sexo y, residencia materna (P>0.05). Los factores asociados a hipoglicemia neonatal estadísticamente significativos son pequeños para la edad gestacional (OR 2.54; IC 1.54-4.20; P<0.001) y restricción del crecimiento intrauterino (OR 2,1; IC 1,29-3,54; P=0.003); mientras que diabetes gestacional (OR 1.2; IC 0.37-4.88; P=0.649), macrosomía (OR 1.2; IC 0.28-5.1; P=0.800) y, síndrome de dificultad respiratoria (OR 0.89; IC 0.54-1.47; P=0.672), no fueron estadísticamente significativos. Conclusión: La hipoglicemia neonatal está asociada a los factores como restricción del crecimiento intrauterino y pequeño para la edad gestacional.