Um sistema piloto para aplicação de micro-ondas em alimentos, de frequência de 2,45 GHz, e capacidade de geração de micro-ondas com potências que variam de 100 W a 3000 W foi utilizado para avaliar os efeitos desta tecnologia nas características físicas, físico-químicas e reológicas dos grãos de trigo, farinha de trigo e seus respectivos glútens. Amostras de trigo (600 g por tratamento) foram condicionadas até a umidade de 23 % e expostas às micro-ondas nas potências de 100 W, 450 W e 750 W (TM1, TM 2 e TM 3, respectivamente) até que esta atingisse 16 % e tiveram suas características comparadas com o trigo controle (TC), sem tratamento. Os resultados de rendimento de moagem e volume específico dos grãos não apresentaram diferenças significativas (p≤0,05). Estes trigos foram moídos, gerando as farinhas FM 1, FM 2, FM 3 e FC (provenientes de TM1, TM 2, TM 3 e TC, respectivamente). Os resultados de amido danificado das farinhas dos trigos tratados por micro-ondas e a FC não apresentaram diferença significativa entre as suas médias. As farinhas FM1, FM 2 e FM 3 mostraram reduções significativas nos valores de glúten úmido e seco, quando comparadas com a FC, porém seus índices de glúten não se mostraram diferentes estatisticamente.  Com exceção da temperatura de pasta, as demais propriedades de pasta (viscosidade máxima, Viscosidade mínima, quebra e viscosidade final) apresentaram-se diferentes significativamente, ao nível de 5 % de significância, e um comportamento progressivo do perfil de viscosidade. A distribuição do tamanho médio das partículas acumulada à 90%, para as farinhas FM 1, FM 2 e FM 3 foram maiores que a acumulada da farinha FC e diferentes significativamente, sendo confirmado pelos maiores valores dos seus diâmetros médios (d4,3). A polidispersibilidade das partículas (Span), variou de 1,81 a 1,94, e não apresentou diferença significativa entre todas as amostras, porém devido ao valor obtido ter sido superior a 1, este indica de que as amostras são polidispersas.