En la ruralidad de Bogotá existen paisajes de alta montaña en los que habitan miles de pequeños agricultores junto con ecosistemas ricos en agua y biodiversidad. La demanda por recursos naturales y alimentos por parte de una ciudad creciente ha generado presión sobre estos socioecosistemas. Los monocultivos uniformes transforman los paisajes y reducen el espacio para la agrobiodiversidad, afectando las prácticas socioculturales asociadas. En los paisajes existen iniciativas, desde la reciprocidad entre los ecosistemas y las formas de vida locales, para una mayor resiliencia socioecológica. Este estudio de caso en la microcuenca del río Curubital en la localidad de Usme, identifica lugares en los que la agrobiodiversidad persiste en relación con prácticas socioculturales y agroecológicas. Se les define en este artículo como “nichos de agrobiodiversidad”. A partir de entrevistas semi-estructuradas, recorridos participativos e identificaciones botánicas, se analizaron las prácticas asociadas a la agrobiodiversidad en huertas campesinas. Los resultados muestran la riqueza en especies y funcionalidades, así como en conocimientos y significados que dan muestra de una cierta reciprocidad en la interacción con el ecosistema. El artículo concluye con una reflexión sobre los nichos de agrobiodiversidad como conectores socioecológicos y motivadores del diálogo ciencia y conocimiento local para la construcción conjunta de políticas ambientales.