Ekosistem mangrove merupakan salah satu potensi yang menjadi parameter untuk dikaji dari ekosistem Blue Carbon. Mangrove memanfaatkan CO2 untuk proses fotosintesis dan menyimpannya dalam stok biomassa dan sedimen sebagai upaya mitigasi perubahan iklim. Perkiraan penyimpanan karbon pada ekosistem mangrove begitu besar sehingga penting untuk menghitung persentase estimasi simpanan karbon pada ekosistem mangrove terutama pada sedimen mangrove. Telah dilakukan penelitian untuk mengestimasi simpanan karbon pada sedimen ekosistem mangrove yang tumbuh di Pesisir Taman Nasional Bunaken bagian Utara. Pengambilan sampel sedimen mangrove dilakukan dengan teknik Purpose Sampling dan data yang diperoleh dianalisis dengan metode Loss on Ignition. Nilai rata-rata densitas sedimen tanah tertinggi terletak pada lapisan kedalaman 60-100 cm, yaitu pada bagian depan dan tengah masing-masing sebesar 0,78 g/cm3 dan 0,80 g/cm3. Pada titik bagian belakang terletak di kedalaman 0-30 cm yaitu 0,90 g/cm3. Nilai rata-rata persentase karbon tertinggi terletak pada lapisan kedalaman 60-100 cm, masing-masing bagian depan sebesar 20,61%; bagian tengah sebesar 22,01%; dan bagian belakang sebesar 16,18%. Nilai rata-rata simpanan karbon pada sedimen ekosistem mangrove di Pesisir Taman Nasional Bunaken bagian Utara tersebar di 5 lokasi, yaitu di Molas sebesar 126,61 Mg ha-1; di Meras sebesar 157,01 Mg ha-1; di Tongkaina sebesar 138,26 Mg ha-1; di Bahowo sebesar 40,25 Mg ha-1; dan di Tiwoho sebesar 136,54 Mg ha-1.