Histamin merupakan salah satu senyawa biogenik amin yang dianggap sebagai penyebab utama keracunan makanan yang berasal dari ikan, terutama dari kelompok skombroid. Peda adalah produk fermentasi ikan yang umumnya dibuat dari ikan kembung yang merupakan kelompok ikan skombroid, yang diketahui banyak mengandung asam amino histidin bebas, sehingga potensial menimbulkan masalah keracunan histamin. Untuk mengetahui jenis‑jenis bakteri yang berperan pada pembentukan histamin pada ikan peda, telah diisolasi bakteri pembentuk histamin selama proses pengolahan peda, menggunakan media Niven yang sudah dimodifikasi. Isolat yang diperoleh diidentifikasi menggunakan BIOLOG Micro StationTm. Hasil penelitian menunjukkan terdapat 15 jenis bakteri pembentuk histamin pada bagian daging dan 11 jenis pada bagian isi perut. Selama proses fermentasi, saat histamin diproduksi secara intensif, bakteri pada ikan peda didominasi oleh Enterobacter spp. dan Staphylococcus spp. Enterobacter spp. sudah berada pada bahan baku, baik pada daging maupun pada isi perut, sedangkan Staphylococcus spp. merupakan bakteri yang mengkontaminasi selama proses pengolahan.