Deteksi awal penyakit kuning yang disebabkan oleh nematoda parasit Radopholus similis dan Meloidogyne incognita serta cendawan patogen Fusarium oxysporum dan Fusarium solani relatif sulit, tanaman dapat diduga terinfeksi setelah menampakkan gejala menguning pada bagian daun. Perubahan struktur anatomi daun lada yang terinfeksi penyakit kuning sejauh ini belum ada laporan tertulis. Penelitian ini dilakukan untuk membandingkan struktur anatomi daun lada yang tidak terinfeksi dan terinfeksi penyakit kuning. Penelitian ini menggunakan dua metode yaitu whole mount untuk membuat sayatan paradermal dan free-hand technique untuk membuat sayatan transversal. Pengukuran kadar klorofil menggunakan spektrofotometer pada panjang gelombang 649 nm dan 665 nm. Hasil pengamatan menunjukkan bahwa kerapatan stomata dan panjang sel epidermis berbeda nyata antara tanaman lada yang terinfeksi penyakit dengan yang sehat dan tidak berbeda nyata pada karakter indeks stomata, tebal kutikula atas dan bawah, tebal epidermis atas dan bawah, tebal bunga karang, tebal palisade, panjang dan lebar sel stomata, panjang dan lebar sel penjaga, lebar sel epidermis, tebal hipodermis atas dan bawah, tebal daun, luas daun, dan kadar klorofil. Daun tanaman lada terinfeksi memiliki stomata lebih rapat dan panjang sel epidermis lebih pendek dibandingkan dengan daun pada tanaman tidak terinfeksi.