Infeksi Saluran Pernafasan Akut (ISPA) merupakan penyakit berbasis lingkungan dan cenderung dianggap biasa oleh masyarakat, sedangkan ISPA yang tidak ditangani dengan baik dapat berakhir dengan pneumonia atau kematian. Klinik sanitasi merupakan solusi untuk mengatasi penyakit berbasis lingkungan melalui upaya promotif dan preventif. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan analisis terhadap aspek input dan proses dalam pelaksanaan klinik sanitasi untuk pengendalian ISPA pada masa pandemi COVID-19 di Puskesmas Kedung Badak Kota Bogor. Metode penelitian ini adalah kualitatif-deskriptif, dengan melakukan observasi lapangan dan wawancara mendalam kepada informan yang dipilih menggunakan teknik purposive sampling. Hasil penelitian menunjukan bahwa belum adanya SOP klinik sanitasi yang disesuaikan dengan situasi pandemi, ketidaksesuaian jadwal dengan regulasi yang berlaku, belum dilengkapinya SDM dengan pelatihan terkait klinik sanitasi, tidak adanya media KIE seputar ISPA, serta tidak dilakukannya konseling, inspeksi, dan intervensi kesehatan lingkungan terhadap pasien ISPA pada masa pandemi COVID-19. Temuan tersebut menunjukan masih terdapat hal-hal yang belum optimal baik dalam aspek input maupun proses pada tata laksana klinik sanitasi di Puskesmas Kedung Badak Kota Bogor.