Objetivo: Comparar o perfil de saúde física e mental de homens e mulheres privados de liberdade. Métodos: Trata-se de estudo transversal, com abordagem quantitativa, que entrevistou 128 pessoas privadas de liberdade de ambos os sexos, em duas unidades prisionais de Alagoas. Os dados foram analisados através do software IBM SPSS Statistics. A pesquisa foi aprovada pelo Comitê de Ética em Pesquisa. Resultados: Na comparação por sexos, a prevalência de queixas/problemas clínicos foi mais acentuada entre as mulheres (62,3%) do que entre os homens (39,2%). A prevalência de tratamento de saúde mental referido entre as mulheres foi de 51,9%, superando em duas vezes a encontrada nos homens (21,6%). Verificou-se que 24,7% das mulheres e 13,7% dos homens possuíam sintomas de ansiedade. Insônia e depressão foram referidas por 15,6% das mulheres, enquanto 13,7% dos homens apresentaram queixas de insônia e 2% de depressão. Também houve maior prevalência do uso de psicofármacos entre as mulheres (55,8% vs. 33,3% entre os homens). Conclusão: Homens e mulheres em situação de cárcere apresentaram prevalências acentuadas de problemas físicos e mentais, mais elevados, entretanto, entre as mulheres. Esses resultados são relevantes para o planejamento e a atenção à saúde desse público.