Introdução: A sífilis é uma doença infectocontagiosa que vem apresentando crescimento significativo no país na última década. Pode ser dividida em primária, secundária, terciária e congênita, em que cada apresentação possui sintomatologia específica. A avaliação neonatal de sífilis é realizada após o nascimento, aplicando-se critérios pré-estabelecidos que auxiliam na realização de diagnóstico e seguimento do tratamento. Esses, definidos como critérios de cura, possuem diferenças quando comparados com os definidos pelo Ministério da Saúde — MS (2020) e pela Secretaria Municipal de Saúde do Rio de Janeiro — SMS-RJ (2016), podendo levar a desfechos diferentes. Objetivos: Comparar as diretrizes atuais de rastreio de sífilis congênita por meio do protocolo adotado pelo MS e pela SMS-RJ e seus possíveis desfechos na incidência e na prevalência. Material e Métodos: Foi realizada revisão por meio de artigos em PubMed, MEDLINE e periódicos. Resultados e Conclusão: Os protocolos de rastreio da sífilis congênita do MS e da SMS-RJ possuem pontos de divergência no que consta a avaliação de valores de Venereal Disease Research Laboratory (VDRL) e do risco de reinfecção por parceiros. O município não estipula redução dos valores de VDRL no neonato, aceitando aumento de sua titulação em até uma vez. A medida vai de encontro ao critério usado pela Federação, que prevê redução deles, abrindo possibilidade para o subtratamento do paciente. Em recente atualização, o MS se aproxima do protocolo da SMS e retira obrigação ao rastreio do parceiro, incentivando avaliação do risco de reinfecção para cada caso. Tal medida flexibiliza o rastreio e possibilita aumento das chances de reinfecção, prejudicando o controle da disseminação. Tal fato é corroborado por dados recentes que indicam prevalência de sífilis no município com proporção de 1,5 homem para 1 mulher (Sistema de Informação de Agravos de Notificação — SINAN). No período entre 2015 e 2018 houve um aumento nos casos de sífilis gestacional, de 2.500 para 4.353, com discreta redução nos casos de sífilis congênita, de 1.410 para 1.136 (Secretaria de Vigilância em Saúde do Rio de Janeiro). A discordância protocolar, no que diz respeito ao controle de cura e rastreio, aumenta o risco de reinfecção, além de complicações gestacionais atuais e futuras. A omissão do rastreio do parceiro acaba por favorecer a permanência elevada em sua incidência e prevalência na comunidade. Inferindo-se a presença de uma falha nas estratégias secundárias e a necessidade de uma ação da SMS-RJ para conter a epidemia em curso, tem-se como medida a revisão e a atualização do protocolo oficial utilizado ou a troca para o mesmo em uso nos hospitais federais, associado ao controle mais rígido dos contactantes sexuais na tentativa de reduzir a disseminação e a reinfecção.