Mở đầu: Myxococcus sp. là chi quan trọng đảm nhiệm việc sản xuất hơn 20% các hợp chất thứ cấp có hoạt tính sinh học từ niêm khuẩn (Myxobacteria). Hướng tiếp cận sàng lọc hoạt tính sinh học, từ đó phân đoạn và tinh khiết hợp chất là chiến lược quan trọng trong khám phá các hợp chất thứ cấp tiềm năng. Mục tiêu: (i) Khảo sát hoạt tính chủng GL41 phân lập từ đất; (ii) Định danh chủng GL41; (iii) Khảo sát thành phần môi trường và điều kiện lên men thu dịch chiết thể hiện hoạt tính kháng vi sinh vật cao nhất và (iv) Xác định phân đoạn có hoạt tính. Phương pháp: Đánh giá hoạt tính kháng vi sinh vật bằng phương pháp giếng khuếch tán. Định danh chủng GL41 bằng hình thái, sinh hóa và trình tự 16S rDNA. Khảo sát môi trường và điều kiện lên men chủng niêm khuẩn GL41 dựa trên kết quả xác định MIC bằng phương pháp vi pha loãng. Xác định phân đoạn có hoạt tính bằng kỹ thuật tự sinh đồ. Kết quả: Chủng GL41 thể hiện hoạt tính kháng vi sinh vật ấn tượng với giá trị nồng độ ức chế tối thiểu trên MSSA, MRSA, S. faecalis, nấm men C. albicans và nấm mốc A. niger là 1 µg/mL. Trình tự 16S rDNA tương đồng 99,93% với Myxococcus stipitatus. Khảo sát điều kiện lên men chủng GL41 cho thấy dịch chiết thể hiện hoạt tính kháng vi sinh vật cao nhất trên môi trường VY/3, pH 7,6, nhiệt độ 35oC, thời gian nuôi cấy 10 ngày và bổ sung nhựa hấp phụ vào ngày thứ 4. Hai phân đoạn có hoạt tính (Rf = 0,63 và Rf = 0,72) cho thấy sự hiện diện các hợp chất tiềm năng.

Mở đầu: Theo Trung tâm kiểm soát và phòng ngừa dịch bệnh Mỹ (Centers for Disease Control and Prevention - CDC) và Mạng lưới an toàn chăm sóc sức khỏe quốc gia của Mỹ, Candida spp. được xếp ở vị trí thứ 5 trong các tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện và đứng thứ 4 trong số các tác nhân gây nhiễm khuẩn máu. Hiện nay, tại Việt Nam, khuynh hướng dịch chuyển này cũng đang xảy ra với tỉ lệ nhiễm cao nhất ở 04 loài Candida albicans, Candida glabrata, Candida parapsilosis và Candida tropicalis. Tuy nhiên, các phương pháp truyền thống phát hiện các loài thuộc chi Candida tuy dễ thực hiện nhưng có nhiều nhược điểm: phụ thuộc vào yếu tố khách quan, tốn nhiều thời gian, dẫn đến chỉ định điều trị không nhanh chóng và kịp thời. Các phương pháp chẩn đoán sinh học phân tử có nhiều ưu điểm trong phát hiện, định danh tác nhân vi sinh vật gây bệnh. Mục tiêu: Nghiên cứu này thực hiện với 2 mục tiêu: (1) Xác định và tối ưu hóa điều kiện multiplex PCR phát hiện 04 nấm C. albicans, C. glabrata, C. tropicalis và C. parapsilosis. (2) Xây dựng quy trình phát hiện đồng thời 04 loài nấm C. albicans, C. glabrata, C. tropicalis và C. parapsilosis bằng phương pháp multiplex PCR. Phương pháp: Các mẫu Candida spp. được thu nhận tại Bệnh viện Đại học Y Dược TP. HCM, Bệnh viện Lê Văn Thịnh và Bệnh viện Quân Y 175 từ tháng 10/2020 đến tháng 5/2021. Vi nấm được phát hiện bằng các phương pháp: (1) thử nghiệm tạo ống mầm, (2) phân lập trên môi trường CHROMagar Candida, (3) tối ưu hóa quy trình phát hiện Candida spp. bằng kỹ thuật Multiplex PCR và sử dụng quy trình tối ưu trong phát hiện Candida spp. từ mẫu bệnh phẩm và (4) giải trình tự 5 sản phẩm khuếch đại để kiểm tra tính đặc hiệu. Sau đó, tiến hành so sánh và biện luận kết quả phát hiện Candida spp. bằng 3 phương pháp: thử nghiệm tạo ống mầm, CHROMagar Candida và Multiplex PCR. Kết quả: 40 mẫu bệnh phẩm được phát hiện bằng vào 3 phương pháp: thử nghiệm tạo ống mầm: phát hiện 13 loài C. albicans và 27 loài non-albicans Candida, nuôi cấy môi trường CHROMagar Candida: phát hiện 18 loài C. albicans, 5 loài C. tropicalis, 3 loài C. glabrata và 14 loài non-albicans Candida. Với multiplex PCR: phát hiện 18 loài C. albicans, 7 loài C. tropicalis, 8 loài C. glabrata, 6 loài C. parapsilosis và 1 loài không xác định được. Các thành phần Multiplex PCR phát hiện 4 loài Candida được tối ưu trong 1 ống eppendorf: dung dịch đệm PCR 10 X 2,2 µl; MgSO4 25 mM 0,6 µl; Taq DNA polymerase 5 UI/µl 0,3 µl; dNTP 10 mM 0,5 µl, mồi Falb 5 pmol 0,3 µl; Ralb 5 pmol 0,5 µl; Ftro 5 pmol 0,3 µl; Fpara 5 pmol 0,6 µl; Rpara 5 pmol 0,6 µl; Fgla 5 pmol 0,3 µl; Rgla 5 pmol 0,3 µl; dịch chiết DNA 1 µl; nước khử khoáng vừa đủ 25 µl. Chương trình PCR được tối ưu: giai đoạn biến tính ban đầu 95 oC 5 phút (1 chu kỳ), giai đoạn 2 (40 chu kỳ): biến tính 95 oC 30 giây, gắn mồi 59 oC 30 giây, kéo dài mồi 72 oC 30 giây; giai đoạn kéo dài cuối cùng 72 oC 8 phút (1 chu kỳ).

Mở đầu: Các phương pháp truyền thống phát hiện các loài thuộc chi Candida tuy dễ thực hiện nhưng có nhiều nhược điểm: phụ thuộc vào yếu tố khách quan, tốn nhiều thời gian, dẫn đến chỉ định điều trị không nhanh chóng và kịp thời. Một trong những phương pháp đơn giản có thể phát hiện nhanh các loài Candida spp. có độ tin cậy, độ đặc hiệu cao và đặc biệt có thể phát hiện đồng thời nhiều loài gây bệnh trong mẫu bệnh phẩm đang được nghiên cứu phát triển – Multiplex PCR. Mục tiêu: Nghiên cứu này thực hiện với 2 mục tiêu: Phát hiện 4 loài C. albicans, C. glabrata, C. tropicalis và C. parapsilosis bằng kỹ thuật multiplex PCR và bằng phương pháp truyền thống và so sánh và đánh giá quy trình phát hiện 4 loài Candida từ mẫu bệnh phẩm bằng kỹ thuật multiplex PCR. Phương pháp: Mẫu Candida spp. được thu nhận tại 3 bệnh viện tại TP. HCM từ tháng 10/2020 đến tháng 5/2021. Vi nấm được định danh 3 bằng phương pháp: (1) thử nghiệm tạo ống mầm, (2) phân lập trên môi trường CHROMagar Candida và (3) kỹ thuật multiplex PCR. Sau đó, so sánh và đánh giá quy trình phát hiện 4 loài Candida giữa kỹ thuật multiplex PCR và phương pháp phát hiện kiểu hình trên CHROMagar Candida, dựa trên độ nhạy, độ đặc hiệu, giá trị tiên đoán dương, giá trị tiên đoán âm, độ lập lại và độ chính xác. Kết quả: Kết quả phân lập trên môi trườngCHROMagar Candida cho thấy 186 chủng phân lập được với tỷ lệ nhiễm cao nhất là C. albicans 112/186 (55,45%), C. tropicalis 39/186 (19,31%), C. glabrata hoặc C. parapsilosis 35/189 (17,33%) và 16 mẫu nghi ngờ không thuộc chi Candida. Định danh bằng kỹ thuật multiplex PCR cho thấy C. albicans chiếm 112/186 (55,45%), C. tropicalis 39/186 (19,31%), C. glabrata 25/186 (12,38%), C. parapsolosis 10/189 (4,59%) và 16 mẫu không phát hiện sản phẩm PCR. Quy trình multiplex PCR phát hiện 4 loài Candida sp. đạt 5 chỉ tiêu theo yêu cầu theo hướng dẫn của Bộ Y tế (2016): độ nhạy (93,33%), độ đặc hiệu (100%), độ chính xác (96,19%), giá trị tiên đoán dương (100%), độ lặp lại (đạt), giá trị tiên đoán âm (66,67%) < 90%.