Cekaman genangan menyebabkan penurunan hasil 15-45% pada tanaman tebu. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik morfologi, fisiologi, dan molekuler tanaman tebu toleran terhadap cekaman genangan. Percobaan dilaksanakan di Laboratorium Program Studi Agroteknologi, Fakultas Pertanian, Universitas Jember, Jawa Timur pada bulan September 2021-Februari 2022. Rancangan percobaan menggunakan rancangan acak kelompok (RAK) faktorial. Faktor pertama yaitu genotipe tebu dengan enam genotipe (Bululawang, PS 862, Cening, PS 881, M3, M4). Faktor kedua yaitu periode penggenangan dengan tiga taraf (30 hari, 60 hari, dan 90 hari). Faktor ketiga yaitu perlakuan cekaman genangan (tanpa cekaman genangan dan dengan cekaman genangan). Variabel pengamatan meliputi tinggi tanaman, luas permukaan daun, diameter batang, bobot segar akar, jaringan aerenkim, klorofil total, kerapatan stomata, kandungan H2O2 dan ekspresi gen antioksidan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa cekaman genangan berdampak pada pembentukan jaringan aerenkim, penurunan bobot segar akar, perubahan tinggi tanaman, penurunan luas area daun, penurunan klorofil total, penurunan kerapatan stomata, peningkatan kandungan hidrogen peroksida dan ekspresi gen antioksidan. Genotipe Cening menunjukkan respon persentase penurunan yang rendah dibandingkan dengan kontrol tanpa cekaman pada variabel morfologi, fisiologis dan ekspresi gen antioksidan yang lebih tinggi.
Kata kunci: antioksidan, banjir, ketahanan, reactive oxygen species, Cening
