Masa balita adalah masa golden  age dimana periode dalam masa ini sangat penting untuk pertumbuhan dan perkembangan untuk kelangsungan hidup kedepannya, karena masa balita ini kelompok umur yang rawan gizi dan rawan penyakit. Masalah status gizi khususnya anak pendek (stunting) di masa yang akan datang akan mengalami kesulitan dalam mencapai perkembangan fisik dan kognitif yang optimal. Stunting juga dipengaruhi oleh beberapa faktor yaitu penyakit infeksi diantaranya diare dan ISPA. Penelitian ini untuk mengetahui hubungan frekuensi dan durasi penyakit infeksi (Diare dan ISPA) dengan kejadian stunting di wilayah kerja Puskesmas Kebasen. Penelitian ini merupakan penelitian kuantitatif Analitik Observasional dengan pendekatan case-control. Jumlah sampel 96 responden pengambilan sampel dalam penelitian ini menggunakan metode cluster sampling. Instrumen penelitian ini adalah lembar kuesioner dengan uji Chi-Square. Hasil penelitian ini bahwa usia 24-59 bulan yang mengalami penyakit diare dan ISPA yang lebih sering dan lama yaitu anak yang mengalami stunting dibandingkan dengan anak balita normal dengan nilai frekuensi diare -value 0,013 (<0,05), durasi diare p-value 0,030 (<0,05), frekuensi ISPA p-value 0,016 (<0,05), durasi ISPA p-value 0,021 (<0,05), dengan kejadian stunting. Terdapat hubungan antara frekuensi dan durasi penyakit infeksi (Diare dan ISPA) dengan kejadian stunting, oleh karena itu harus menjadi perhatian ibu untuk mengetahui tentang kesehatan anak terutama penanganan pertama penyakit infeksi pada balita.