The phenomenon of evolutionary fixation of agrobacterial sequences (cT-DNA or cellular transferred DNA) in plant genomes is well known in nature. It was previously considered, that all of cT-DNA-containing species, except Linaria vulgaris, have multiple inverted cT-DNA repeats. Deep studying of general features of cT-DNA brings us closer to understanding the causes and mechanisms of its fixation in plants genomes. We combined multiple long-range PCR with genome walking for studying extended structure of cT-DNA. Using digital PCR method, we estimated copy number of cT-DNA elements. NGS with low covering allows us to develop a set of microsatellite markers, also used for copy number estimation. According to new data, cT-DNA elements in L. vulgaris form an inverted complex repeat of two simple direct repeats. After cT-DNA integration, cT-DNA sequence duplication events took place at least two times. The phenomenon of concerted evolution of cT-DNA sequences as well as some details of this process have been shown for the first time.We have shown, that L. vulgaris, as well as other cT-DNA containing species, has inverted structure of repeats. This fact indicates possible existence of some general causes and mechanisms of cT-DNA fixation in plant genomes during evolution.
Хмель обыкновенный (Humulus lupulus l.)-двудомное растение с хромосомным механизмом определения пола, у которого хозяйственной ценностью обладают только женские растения. Особенностью хмеля является позднее морфологическое проявление пола (три года после прорастания семян). В связи с этим актуальной задачей является изучение последовательностей половых хромосом для разработки полоспецифичных молекулярных маркеров, а также для изучения вопроса происхождения половых хромосом растений. Важное значение имеет разработка способов ранней диагностики пола у хмеля для снижения экономических издержек хмелеводческих хозяйств (затраты на выращивание ненужных мужских растений и их корчевание). Последовательность Y-хромосомного маркера хмеля была амплифицирована, клонирована и секвенирована. При анализе сиквенсов обнаружены участки гомологии с фрагментами хромосом женского растения. Разработано и апробировано несколько вариантов диагностический системы на основе ПЦР в режиме реального времени (ПЦР-РВ) для идентификации пола хмеля обыкновенного. Система была успешно испытана на ряде сортов и форм хмеля обыкновенного и применима для использования в сельском хозяйстве. Данные, полученные в работе, свидетельствуют о наличии участков гомологии между Y-хромосомой и последовательностями хромосом женского растения.
scite is a Brooklyn-based organization that helps researchers better discover and understand research articles through Smart Citations–citations that display the context of the citation and describe whether the article provides supporting or contrasting evidence. scite is used by students and researchers from around the world and is funded in part by the National Science Foundation and the National Institute on Drug Abuse of the National Institutes of Health.