Karies adalah penyakit gigi yang kerap ditemukan, yaitu suatu penyakit pada jaringan keras gigi berupa hilangnya ion – ion mineral secara terus menerus pada permukaan enamel gigi yang sebagian besar disebabkan oleh metabolisme bakteri. Tingkat kesadaran yang rendah dalam merawat gigi menyebabkan dampak buruk pada kesehatan gigi dan terhadap kesehatan tubuh. Pada saat sekarang ini umumnya masyarakat belum memiliki pengetahuan dalam menganalisis tentang penyakit karies gigi yang nantinya dapat mengakibatkan kerusakan yang parah terhadap gigi seperti matinya pulpa gigi. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis penyakit karies dengan menggunakan metode Certainty Factor. Dalam penelitian ini diolah data sebanyak 50 data yang diperoleh dari hasil wawancara dengan pakar pada Klinik Rahmatan Lil Alamin Padang Indonesia. Ditemukan beberapa faktor yang menyebabkan penyakit karies gigi pada manusia. Data tersebut diperoleh dari catatan medis pasien yang telah melakukan pemeriksaan di klinik. Data tersebut digunakan untuk menganalisis jenis penyakit karies berdasarkan bimbingan dari pakar tersebut. Tahapan pengolahan yang dilakukan adalah pemecahan rule, menentukan nilai bobot setiap gejala dan menghitung nilai Certainty Factor. Hasil yang didapatkan setelah dilakukan pengujian terhadap metode ini adalah terdapat 94% yang mengidap penyakit karies dengan jenis yang paling sering diderita pasien karies superfisialis. Hasil pengujian dapat menganalisis penyakit karies secara spesifik, dengan demikian sistem pakar yang digunakan telah dapat direkomendasikan untuk membantu dokter gigi menganalisis penyakit karies gigi pada manusia.