No abstract

A nemesnyárak kiemelkedő gazdasági jelentőséggel bírnak. A bemutatott vizsgálat legfőbb célja egy olyan kutatási metodika ismertetése, amely a faanyag tulajdonságaiért felelős kulcsenzimek kódoló régióinak azonosításából indul ki, bemutatva a genomikai alapokra helyezett nemesítési technológiákban rejlő lehetőségeket. A vizsgálatunk első szakaszában 24 különböző, a faanyagképződés szempontjából releváns enzim kódoló régiójára terveztünk primerpárokat. Összesen 55 saját fejlesztésű primerpárt teszteltünk, 47,27%-os sikerességgel. Ezután nyolc enzimet választottunk ki részletesebb elemzésre hét nyárfaj és 11 hibrid klón bevonásával, összesen 23 nyár genotípus vizsgálata révén. A kiválasztott enzimek egy része a lignifikáció folyamatában vesz részt (COMT, CCoAOMT, SAMS), egy másik csoport a K+-függő xylogenezis során tölt be kulcsszerepet (Kt, ptk2, SKOR), míg a harmadik csoport (endo-1,4-b-xylanase, Araf-ase) a mikrofibrilla szög alakulásához köthető. A sikeresen amplifikált és azonosított 13 markerrégió révén összesen 188 szekvenciát elemeztünk és 90 SNP-t azonosítottunk. Értékeltük a polimorf helyek számát, a nukleotid diverzitást, az inszerciók/deléciók számát, az SNP-k típusát, a rekombinációs események minimális számát, illetve azonosítottuk a konzervatív szakaszokat. Eredményeink bemutatása során részletesen tárgyaljuk a vizsgálatban rejlő alkalmazási lehetőségeket.

Key message This genomic dataset provides highly variable SNP markers from georeferenced natural Quercus petraea (Matt.) Liebl. populations collected in Bulgaria, Hungary, Romania, Serbia, Bosnia and Herzegovina, Kosovo* and Albania. These SNP loci can be used to assess genetic diversity, differentiation, and population structure, and can also be used to detect signatures of selection and local adaptation. The dataset can be accessed at https://doi.org/10.5281/zenodo.3908963/ (Tóth et al.2020). Associated metadata available at https://metadata-afs.nancy.inra.fr/geonetwork/srv/fre/catalog.search#/metadata/b6fee4fa-01e9-44d0-92f5-ad19379f9693.

Introduction Since Populus has veritable value as timber, plywood, pulp, and paper, genomic research should create the sound basis for further breeding toward desirable wood quality attributes. Materials and methods In this study, we addressed the need for a research methodology that initially identifies and then characterize candidate genes encoding enzymes with wood property phenotypic traits, toward the aim of developing a genomics-based breeding technology. Results On 23 different poplar species/hybrid samples, we successfully amplified 55 primers designed on Populus trichocarpa L. Considering the number of polymorphic sites, out of 73,206 bp, 51 SNPs and 31 indel events were found. Non-synonymous single base mutations could be detected in number of 30, 21 out of 164 sequences were the number of minimum recombination events and 41 significant pairwise comparisons between loci could be detected. Discussion and conclusion Our results provide a roadmap for a future association genetic study between nucleotide diversity and precise evaluation of phenotype.