Κατά την καρκινογένεση, τα καρκινικά κύτταρα παράγουν εκκριτώματα με διαφορετικά ποιοτικά και ποσοτικά χαρακτηριστικά. Σκοπός της εργασίας ήταν η ανακάλυψη βιολογικών διαδικασιών που εμπλέκονται στην καρκινογένεση του τραχήλου της μήτρας, και πιθανών βιοδεικτών με την πρωτεωμική ανάλυση τεσσάρων αντιπροσωπευτικών κυτταρικών σειρών του τραχήλου της μήτρας: τη SiHa (HPV16+), τη HeLa (HPV18+), τη C33A (HPV-), και την HCK1T (φυσιολογική). Xρησιμοποιήθηκαν 2 πρωτεωμικές προσεγγίσεις για την επίτευξη του παραπάνω στόχου 1) Δισδιάστατη ηλεκτροφόρηση συζευγμένη με φασματομετρία μάζας (2DE-MALDI TOF-MS) και 2) Υγρή χρωματογραφία συζευγμένη με φασματομετρία μάζας (LC-MS/MS). Η πρωτεωμική ανάλυση απέδωσε νέες πληροφορίες (πρωτεΐνες-στόχοι) για τον μοριακό χαρακτηρισμό του καρκίνου του τραχήλου της μήτρας (π.χ beta ig-h3, PRDX2, SOD2, FUCA1, ADAM10, CATD). Ακολούθησε μια ολοκληρωμένη βιοπληροφορική ανάλυση και για τις 2 μεθοδολογίες η οποία απέδωσε απορρυθμισμένα βιολογικά μονοπάτια (π.χ. «Επαγωγή αντιοξειδωτικών πρωτεϊνών μέσω του μεταγραφικού παράγοντα NRF2» και «Καταστολή μεταλλοπρωτεϊνασών»). Τα αποτελέσματα της βιοπληροφορικής ανάλυσης καθώς και περαιτέρω πρωτεΐνες-στόχοι επιβεβαιώθηκαν με ανοσολογικές, ενζυμικές μεθόδους καθώς και τη μέθοδο υψηλής ευαισθησίας MRM (πχ ΤΙΜP1, CATD κτλ). Συμπερασματικά, αναγνωρίστηκαν εκκρινόμενες πρωτεΐνες οι οποίες μπορεί να είναι πιθανοί βιοδείκτες ή θεραπευτικοί στόχοι.