This work reviews current theoretical approaches of biophysics and bioinformatics for the descrip tion of nucleosome arrangements in chromatin and transcription factor binding to nucleosomal organized DNA. The role of nucleosomes in gene regulation is discussed from the molecular mechanistic and biologi cal points of view. In addition to classical problems in this field, actual questions of epigenetic regulation are discussed. The authors selected for discussion what seem to be the most interesting concepts and hypotheses. Mathematical approaches are described in a simplified language to attract attention to the most important directions of this field.

No abstract

An enhanced Raman spectroscopy method based on a plasmon resonance in ultrathin metal-containing LB-film deposited on nanoporous anodic alumina supports has been proposed. This material has been utilized to enhance Raman scattering of light in fluorescent-labeled subcellular membrane structures. It has been shown that the plasmon resonance between vibrational modes of the organometallic complexes monolayers and dye-labeled subcellular structures happens. It makes possible to detect interactions between living cell monolayers and an extracellular matrix.

DNA-nanosensor based on multiwalled carbon nanotubes (MWCNTs) decorated by nanocyclic thiophene-pyrrole complexes of octahedral high-spin Fe has been proposed for high-performance sensing of DNA-hybridization utilizing a surface-enhanced spin-dependent CNT-plasmon resonance. This DNA-nanosensor operates on screening and quenching effects at Raman scattering of light in duplexes DNA-probe/DNA-target at complementary pairing of nucleotides in DNA. Single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping has been successfully performed for DNA samples from healthy and cancer-suffering donors.

Исследовано взаимодействие ДНК, выделенной из селезенки коровы, с загрязняющими ее примесными белками. Показано, что последние не являются гистонами и их связи с ДНК разрушаются в присутствии мочевины, но сохраняются при высоких концентрациях Na + . Примесные белки не изменяют термостабильности ДНК и распределены между макромолекулами неравномерно: менее 10 % ДНК содержат более 70 % всех белков.Введение. Для разработки эффективных промышленных методов выделения и очистки нуклеиновых кислот необходимы данные о характере их взаимодействия с загрязняющими примесными белками, присутствующими в образцах. Это позволит найти оптимальные условия разрушения комплекса. Целесообразно также исследовать влияние примесных белков на стабильность двойной спирали ДНК, поскольку ряд методов очистки включает нагревание растворов, содержащих ДНК, до 60 і -70 °С. В связи с этим в дайной работе проведено физико-химическое исследование комплексообразования ДНК с остаточными примесными белками, выделена фракция ДНК, ими обогащенная, и исследована термостабильность ДНК в составе этой фракции. Материалы и методы. В работе использовали додецилсульфат натрия(DS-Na), бычий сывороточный альбумин (БСА), цитохром С, яичный альбумин, химотрипсиноген фирмы «Serva» (ФРГ). Отечественные реактивы имели квалификацию «хч» или «осч» и не требовали дополнительной очистки. Концентрированные растворы ДНК очищали от белковых примесей и РНК с помощью гидроксиапатита (Ленинград).Спектральные характеристики ДНК получали на спектрофотометре СФ-26 («ЛОМО», СССР) и UV-VIS («Carl Zeiss», ГДР). Мутность образцов особо чистой ДНК определяли при помощи спектрофотометра Shimadzu-3000 («Shimadzu», Япония). В работе применяли образцы ДНК, выделенные из селезенки коровы различными способами и содержащие от 0,26 до 10 % белковых примесей.Ультрацентрифугирование растворов ДНК проводили в 0,005 M или 0,15 M NaCl (90 000 g, 30 мин) на центрифуге VAC-601 («Janetzki», ГДР) при концентрации ДНК 1 мг/мл. Для электронно-микроскопических исследований использовали метод белковой пленки [II] (JEM-ilOOO; «JEOL», Япония), ускоряющее напряжение 80 кВ.Плавление ДНК осуществляли в термостатированной ячейке собственной конструкции на спектрофотометре СФ-26. Все образцы содержали 2· IO -4 M натриевой соли этилендиаминтетрауксусной кислоты. Точность измерения температуры 0,05 °С. Скорость нагрева 0,5 град/мин. Качественный состав белков осадка определяли электрофорезом в 18 %-ном гюлиакриламидном геле в присутствии DS-Na [2]. В качестве маркеров использовали химотрипсиноген (27 000), яичный альбумин (45 000), БСА (67 000). Окрашивание проводилось кумасси G-250.Светорассеяние в области поглощения ДНК оценивали с помощью известной линейной зависимости логарифма оптической плотности (D) от логарифма длины волны (λ) : IgD = A-η·ΐ£λ, где величина η определяется размером частиц. По значению η вычисляли также размеры агрегатов, образующих комплекс ДНК с примесными белками [3,4].Для повышения точности определения содержания белковых примесей в ДНК модифицировали метод Лоури и др. [5]. Использовали...