В статті проаналізовано зумовлені війною тенденції структурних змін в економіці України та виділено проблеми, що можуть бути критичними для збереження її стійкості до безпекових викликів. Акцентовано, що відновлення конкурентоспроможності у повоєнному періоді неможливе без переходу від сировинної до до інноваційно-орієнтованої економіки. Логічно доведено, що це потребує релевантного інституційного забезпечення, сукупний регулятивний вектор якого б виступав дієвим стимулятором учасників ринку до інновацій. Змодельовано інституційний механізм управління інноваційним розвитком соціально-економічних систем з виділенням законодавчого та організаційного забезпечення реалізації визначених цілей на різних структурних рівнях.