Antecedentes y Objetivos: Castilleja tenuiflora es una de las plantas mexicanas, silvestres y medicinales cultivadas in vitro que presentan actividad biológica antiinflamatoria y antiulcerogénica. La encapsulación de microestacas es una opción para propagar y prolongar el almacenamiento de esta planta. El objetivo de este estudio fue establecer un método para la encapsulación y conservación de microestacas de C. tenuiflora sin afectar el contenido de sus compuestos.Métodos: Las cápsulas fueron elaboradas con alginato de sodio en complejo con cloruro de calcio dihidratado como matriz y microestacas de tejido proveniente de plántulas cultivadas in vitro. Se probaron diferentes concentraciones y tiempos de polimerización, así como diferentes tiempos de almacenamiento y temperatura, para posteriormente analizar los metabolitos mayoritarios de los extractos metanólicos mediante cromatografía (HPLC) de las plantas resultantes.Resultados clave: La combinación para la producción de cápsulas con microestacas es alginato de sodio al 3% y cloruro de calcio dihidratado al 50 mM, con 25 minutos de polimerización. Las plántulas derivadas de semillas sintéticas, almacenadas por 100 días presentaron los mismos compuestos que las plantas donantes.Conclusiones: La encapsulación de microestacas de C. tenuiflora con alginato de sodio y cloruro de calcio dihidratado permite el almacenamiento del material vegetal y se mantienen sus compuestos principales, por lo que es una alternativa para mantener el genotipo de plantas elite y contrarrestar el saqueo de plantas silvestres.