Karang merupakan ekosistem yang unik dan spesifik yang terdapat di perairan tropis, serta rentan terhadap perubahan lingkungan perairan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui seberapa besar persentase tutupan terumbu karang dan indeks mortalitas terumbu karang di Perairan Pomalaa. Pengambilan data terumbu karang dilakukan pada kedalaman 3 meter untuk mewakili perairan dangkal dan 7 meter untuk mewakili perairan dalam, yang masing- masing terdiri pada 4 titik pengamatan. Parameter kualitas air yang diukur langsung di lapangan adalah, suhu, salinitas, ph, kecerahan perairan dan kecepatan arus menggunakan alat Water Quality Checker (TOAA) dan untuk analisis nitrat dan fosfat dilakukan di Laboratorium. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kualitas perairan pada setiap stasiun penelitian tidak terdapat perbedaan yang begitu jauh. Kondisi terumbu karang di perairan Pomalaa pada kedalaman 3 m dikategorikan dalam kondisi rusak, dengan persentase penutupan karang hidup berkisar 11,85% - 22,07%. Pada kedalaman 7 m rata-rata dalam kondisi sedang-rusak, dengan persentase tutupan berada pada kisaran 16,13% - 28,81%. Hal ini menunjukkan bahwa keragaman karang secara umum rendah, sehingga tidak ada jenis karang yang mendominasi. Tingkat kematian terumbu karang di perairan Pomalaa tergolong tinggi pada kedalaman 3 meter yaitu 0,75 artinya 75% terumbu karang mengalami kondisi buruk hingga mengalami kematian, begitu pula pada kedalaman 7 meter, angka tertinggi indeks mortalitas yaitu 0,63 artinya 63% terumbu karang pada kedalaman 7 meter mengalami kondisi buruk hingga mengalami kematian.