RESUMO O Programa Saúde na Escola tem como meta a construção de escolas saudáveis. Estudo de caso, de abordagem qualitativa com intenção de identificar e compreender como se comportam, no esforço de integração, profissionais envolvidos no Programa Saúde na Escola, a partir de sua inserção nas atividades preconizadas. Após construção do modelo lógico do programa, foi realizado consenso com experts para elaboração de matriz de indicadores, originando roteiro semiestruturado. Foram realizadas 25 entrevistas, nas Unidades Básicas de Saúde e Escolas de Ensino Fundamental, além das Gerências Regionais da Saúde e da Educação. As práticas foram consideradas multissetoriais, sem soma de esforços e coparticipação efetiva, sendo planejadas por um único setor ou profissional; os gaps existentes são reconhecidos tanto quanto a importância do programa; as práticas acontecem com baixo vínculo entre equipes. A forma fragmentada de perceber os problemas dos escolares dificulta essa integração.