An empirical check on best linear unbiased prediction genetic evaluation using pig field recording data

Abstract

check on best linear unbiased prediction genetic evaluation using pig field recording data. Can. J. Anim. Sci. 77: 211-216. The theory and use of best linear unbiased prediction in genetic evaluation are well developed. However, there has been little empirical checking of its efficacy in practice. The objective here was to use a large body of Canadian pig performance records to check on the predicted benefits of BLUP in genetic evaluation. Phenotype records were available on fat depth and on days to 100 kg on some 65 000 progeny born in 1994 and 1995 from parents evaluated before 1994. Rank correlations between parent and progeny in data were calculated within herd-year-season to avoid effects due to differences in these factors. Computer simulation studies were also run to check on the predicted results. The simulation results confirmed the expectations on the higher correlation of mid-parental EBV than of mid-parental phenotype with progeny genotype and a regression (of progeny phenotype on mid-parental EBV) of unity when all relevant pedigree and performance data were used. In the data analysis, the (rank) correlations with progeny phenotype were consistently higher (36 and 27%) for mid-parental BLUP genetic evaluation than for mid-parental phenotypes, confirming the superiority of the BLUP evaluations over phenotypes. However, the regression of progeny phenotype on mid-parent BLUP EBV was usually less than the predicted value of unity. Simulation results suggest that either the base population heritability was lower than that used in the evaluation or that the information used was incomplete.Key words: Best linear unbiased prediction, EBV, pigs, performance, selection Quinton, V. M. et Smith, C. 1997. Vérification empirique de la méthode d'évaluation génétique BLUP à partir des relevés de production sur le terrain. Can. J. Anim. Sci. 77: 211-216. Bien que la théorie et l'utilisation de la méthode de BLUP soient toutes deux bien rodées, il n'y a eu que peu de vérifications empiriques de son efficacité sur le terrain. A partir des archives du Programme canadien de contrôle d'aptitudes, nous avons examiné les données phénotypiques relatives à l'épaisseur du lard dorsal et à l'âge des porcs au poids de marché (100 kg) recueillies sur quelque 65 000 porcs nés en 1994 et en 1995 de parents éval-ués avant 1994. Les corrélations de rang entre géniteurs et descendances étaient calculées par troupeau-année-saison de façon à éviter les effets imputables à des différences chez ces divers facteurs. Simultanément, des études en simulation sur ordinateur étaient conduites pour vérifier les résultats prédits. Les résultats de ces dernières études ont permis de confirmer les attentes en ce qui a trait aux plus fortes corrélations obtenues entre l'EBV, qu'entre le phénotype du parent moyen, et le phénotype de la descendance. Ils font également voir une régression proche de l'unité (génotype de la descendance sur EBV parent-moyen) lorsqu'on utilisait tous les relevés de généalogie et de performances pertinents. Dans l'analyse ...