OBJETIVO: Descrever o perfil da epidemia de HIV/aids no Brasil e nas unidades da federação de acordo com o sexo, identificar os fatores contextuais associados e acompanhar mudanças no padrão epidemiológico entre 2000 e 2019. MÉTODOS: Estudo ecológico utilizando dados epidemiológicos do Datasus, e populacionais do Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE). Inicialmente foram realizadas análises de séries temporais das taxas de incidência por sexo e de tendências por regressões joinpoint, com obtenção da média da variação percentual das taxas (average annual percent change – AAPC). Posteriormente procedeu-se a uma análise, para ambos os sexos, da associação da AAPC com os indicadores contextuais Índice de Desenvolvimento Humano Municipal (IDH-M), Índice de Gini, Índice de Vulnerabilidade Social, taxa de analfabetismo, proporção de diagnóstico tardio e proporção de distribuição de testes. RESULTADOS: Observa-se tendência linear de redução nas taxas de incidência para o sexo masculino (AAPC = -0,6; IC95% -1,1 a 0,0). Para o sexo feminino, houve aumento nas taxas entre 2000 e 2009 e declínio entre 2010 e 2019, com uma tendência de incremento no período completo (AAPC = 1,4; IC95% 0,8 a 1,9). As análises por razão entre os sexos indicaram tendência de declínio (AAPC = -1,8; IC95% -2,3 a -1,3), apontando redução nas taxas para o sexo masculino em relação ao sexo feminino. Verificou-se associação inversa dos indicadores com a AAPC para ambos os sexos, sendo IDH-M a variável com associação mais pronunciada, evidenciando que maiores índices de desenvolvimento humano estão associados a menores variações nas taxas de HIV/aids. CONCLUSÃO: Os casos se distribuem de formas distintas entre os sexos, com tendência de incremento na incidência em mulheres e possível associação com vulnerabilidades relacionadas ao gênero, sendo importante pensar em políticas públicas que considerem essas dimensões.