Este trabalho buscou identificar as mudanças ocorridas na Cadeia Logística da Soja bem como os impactos aos elos que a compõem (produtores, armazenadores/processadores, transportadores rodoviários, operadores ferroviários e portuários), em decorrência do advento e da difusão da soja transgênica, sob uma ótica sistêmica dos problemas que envolvem sua segregação. Para isso, foram identificados os pontos críticos e os cuidados e procedimentos necessários para a não contaminação da soja ao longo da Cadeia, garantindo assim a pureza do produto e o recebimento do prêmio pela segregação. O estudo foi de natureza exploratória, com abordagem qualitativa. Os resultados permitiram concluir que o elo armazenador/processador assume papel fundamental na coordenação de toda a logística da cadeia da soja, ampliando os seus limites no sentido “coaseano”, pagando os prêmios para os agentes que conseguem fazer a segregação, passando a ser visto com um coordenador de contratos.