Os problemas de infraestrutura em armazéns de soja no Brasil são fatores que atrapalham a competitividade da cadeia. Tais fatores estão diretamente relacionados às perdas dos grãos no processo de armazenagem. O objetivo deste trabalho foi mapear as operações relacionadas ao processo de armazenagem da soja em uma cooperativa de grãos com o intuito de identificar etapas onde há maior incidência de perdas. Este estudo, de caráter aplicado e exploratório, fez uso do estudo de caso, desenvolvido com o auxílio de entrevistas semiestruturadas com colaboradores do setor, bem como observações diretas não-participantes para o levantamento dos dados. Como principais resultados destaca-se que as perdas dos grãos podem derivar de diversas operações inerentes ao processo, notadamente na movimentação dos grãos, no transbordo nas moegas, no processo da secagem e da própria armazenagem. Constatou-se também que para mitigar essas perdas são necessários esforços substanciais, e dependem, sobremaneira, de investimentos em ativos específicos.