Este trabajo pretende aportar conocimiento de la eficiencia, planteándose como objetivo valorar la eficiencia relativa desde una perspectiva del análisis envolvente de datos en las universidades de Ecuador. Llevándose a cabo una propuesta retrospectiva de corte transversal tomándose como referencia el análisis envolvente de datos, técnica no paramétrica que permitió la medición relativa de las unidades, donde el modelo CCR-O reveló que 16 DMUs son eficientes y, en el modelo BCC-O fueron 20; se destacan la Escuela Politécnica del Ejército y la del Litoral. En la escala con bootstrap 16 DMUs del modelo CCR-O y 20 del BCC-O alcanzaron Eficiencia Técnica Pura, encontrándose sobre la frontera eficiente; mientras que, en la puntuación de ineficiencia, en el modelo CCR-O 38 son ineficientes, así como, 34 del modelo BCC-O. Este hecho muestra los valores reales de Docencia-Investigación-Gestión frente a los específicos, donde las DMUs ineficientes obtienen el 33,33% y en la variable de entrada, no se muestra un efecto significativo en las puntuaciones de la eficiencia; mientras que, en Docencia-Investigación las DMUs ineficientes alcanzan el 61,11%, Docencia el 55,55%, Docencia-Gestión el 48,14%. Por tanto, las Unidades están sobre dotadas de parámetros en sus resultados, de acuerdo con sus valores reales. Finalmente, la limitación se configuró según el modelo DEA–BCC de output orientado con rendimiento a escala y, resultó útil para medir el desempeño. No obstante, su alcance global puede distorsionar la realidad de la eficiencia técnica, en función de los recursos de las universidades.