Analisis Keragaman Genetik 161 Aksesi Mangga Indonesia Menggunakan Marka Mikrosatelit

Abstract

ABSTRAK Kedelai merupakan komoditas pangan penting selain padi dan jagung. Perakitan dan pengembangan varietas unggul berperan penting dalam meningkatkan produksi. Salah satu sumber daya genetik kedelai yang dapat digunakan dalam perakitan varietas unggul adalah varietas introduksi. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis keragaman genetik 35 kultivar kedelai introduksi yang berasal dari berbagai negara menggunakan 15 marka mikrosatelit. Penelitian dilakukan di laboratorium Biologi Molekuler BB Biogen, Januari-Maret 2016. Hasil analisis polymerase chain reaction (PCR) diberi skor data biner dan dianalisis menggunakan NTSYS dan power marker. Karakter morfologi spesifik setiap kultivar menetukan keragaman genetik. Korelasi positif signifikan diidentifikasi pada beberapa karakter morfologi yang bermanfaat dalam program pemuliaan dengan kombinasi karakter target. Sebanyak 189 alel berhasil dideteksi dengan kisaran 6-23 alel/lokus, rata-rata 12,6 alel/marka. Nilai PIC menunjukkan tingkat polimorfisme berkisar antara 0,76 (GmES1424) hingga 0,95 (Satt100) dengan rata-rata 0,86. Sebanyak 12 marka yang memiliki nilai PIC >0,80 menunjukkan kemampuan dalam mendiskriminasi kultivar kedelai. Frekuensi alel utama rata-rata 21% dengan nilai tertinggi 39% (Satt125) dan terendah 8% (Satt100). Lima marka SSR mampu mendiskriminasi genotipe heterozigot dengan nilai heterozigositas antara 0,41 (SoyF3H) hingga 0,82 (Satt333). Hasil analisis filogenetik menunjukkan 35 kultivar kedelai introduksi memisah menjadi dua klaster utama, masing-masing 13 dan 22 kultivar pada koefisien 0,82 berdasarkan latar belakang genetik. Marka mikrosatelit dan informasi keragaman genetik pada penelitian ini bermanfaat mengarahkan persilangan kedelai dengan memanfaatkan material genetik introduksi. ABSTRACT Soybean (Glycine max (L.) Meriil) is an important crop next to rice and corn. The development of improved variety are important to increase national soybean production. The introduced soybean varieties is one of genetic resources that can be used to create improved soybean varieties. The aim of this study was to analyze 35 introduced soybean cultivars using 15 microsatellite markers. The research was conducted in ICABIOGRAD Molecular Biology Laboratory, in January-March 2016. PCR analysis was scored as binary data and the collected data was analyzed using NTSYS and PowerMarker. Specific morphological characters from each soybean cultivar determine the genetic diversity. Significant positive correlations were identified among morphological characters which would be helpful to improve the desired character. The result showed that 189 alleles were detected with average of 12.6 alleles per marker. The polymorphism level (PIC) was 0.86 (0.76-0.95). There were 12 of total markers having PIC>0.80 indicating their robustness to discriminating soybean cultivars. The average major allele frequency was 21% and ranges from 8% (Satt100) to 39% (Satt125). Five SSRs were able to distinguish heterozygosity which varied from 0.41 (SoyF3H) to 0.82 (Satt333). The ...

Keragaman Genetik Dua Puluh Aksesi Plasma Nutfah Jatropha spp. Menggunakan Marka Simple Sequence Repeat

“…Penentuan posisi pita dilakukan dengan perangkat lunak Gel Analyzer (Lazar 2010 Basha et al (2009) yang menggunakan 17 marka dengan kisaran 24 alel per lokus, Mastan et al (2013) yang menggunakan 7 marka terseleksi polimorfik dengan kisaran 25 alel per lokus, dan Vischi et al (2013) yang juga menggunakan 7 marka terseleksi polimorfik dengan kisaran 23 alel per lokus. Menurut Tasliah et al (2013), jumlah alel yang dihasilkan pada suatu penelitian keragaman genetik dipengaruhi oleh jumlah marka, jumlah sampel, dan variasi sampel yang digunakan. Jumlah alel yang semakin banyak terdeteksi akan bermanfaat terutama bila alel-alel tersebut merupakan koleksi dari plasma nutfah yang masih belum dimanfaatkan dan memiliki kaitan dengan gen-gen penting yang berhubungan dengan karakter unggul tertentu (Santoso et al 2006).…”

Analisis Keragaman Genetik Kedelai Introduksi Menggunakan Marka Mikrosatelit

“…Penggunaan marka mikrosatelit dalam menganalisis keragaman genetik tanaman telah banyak dilakukan, antara lain pada tanaman tomat (Bredemeijer et al, 2002); kentang (Ghislain et al, 2004); kelapa sawit (Tasma et al, 2013); jarak pagar (Saptadi et al, 2011); dan mangga (Tasliah et al, 2013). Marka ini juga dapat dimanfaatkan sebagai alternatif uji BUSS (Baru, Unik, Seragam, dan Stabil) dalam perlindungan varietas tanaman (Moeljopawiro, 2010).…”

“…Sementara nilai PIC yang menunjukkan tinggi rendahnya tingkat polimorfisme berkisar antara 0,76 (GmES1424) hingga 0,95 (Satt100) dengan rata-rata 0,86.Nilai diversitas gen dan PIC berkorelasi secara langsung di mana nilai PIC umumnya sedikit lebih rendah dibanding nilai diversitas gen (Widaningsih et al, 2014). Selaras dengan jumlah alel yang tinggi, nilai PIC mencerminkan tingkat polimorfisme (Tasliah et al, 2013). Diversitas gen total kedelai introduksi yang berasal dari negara subtropik (Amerika Serikat, Jepang, Swedia, Rusia, dan Kanada) juga lebih tinggi daripada diversitas gen koleksi kedelai gabungan dari negara di Asia maupun Amerika (Zhang et al, 2013;Kumawat et al, 2015).…”

Analisis Keragaman 35 Aksesi Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Asal

“…Berdasarkan penghitungan pita-pita yang dihasilkan (Tabel 4) terlihat jumlah pita sampai enam pita, dengan kisaran alel yang dihasilkan 4−12 alel. Pada penggunaan alat deteksi marka SSR yang semi otomatis, alel-alel yang dihasilkan bisa mencapai 15-75 alel, walaupun pita yang dihasilkan hanya 1−5 saja (Tasliah et al, 2013). Walaupun demikian variasi sampel yang digunakan juga mempengaruhi variasi alel.…”

“…Alel dominan ini dapat didefinisikan sebagai alel yang selalu muncul di setiap aksesi. Pada penelitian Tasliah et al (2013), alel yang mendominasi justru alel jarang (<5%). Alel dominan ini pada akhirnya akan mempengaruhi nilai PIC.…”