Wae Batu Merah secara geografis berada di pusat Kota Ambon dan sangat berpotensi memicu alih fungsi lahan yang nantinya akan berdampak pada penurunan kualitas air, pencemaran air, banjir dan erosi yang semakin meningkat ke depannya. Tujuan penelitian ini yaitu menganalisis perubahan tutupan lahan di DAS Wae Batu Merah pada tahun 2012, 2017 dan tahun 2022 serta memprediksi tutupan lahan tahun 2031. Metode yang digunakan yaitu Cellular Automata Markov Chain (CA-MC) dengan 5 faktor pendorong perubahan tutupan lahan di antaranya kemiringan lereng, ketinggian lahan, jarak dari sungai, jarak point of interest (POI) dan jarak dari jalan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari tahun 2012, 2017, 2022, 2031 tutupan permukiman dan lahan terbuka terus mengalami pertambahan luasan berbeda dengan tutupan lahan pertanian dan bukan pertanian yang mengalami penurunan luasan. Nilai akurasi kappa pada model mencapai 91%. Hasil model tahun 2031 menunjukkan bahwa jenis tutupan lahan permukiman memiliki luas 392,09 ha, lahan terbuka memiliki luas 35,31 ha, daerah pertanian memiliki luas 104,59 ha, daerah bukan pertanian memiliki luas 118,35 dan jenis tutupan lahan perairan memiliki luas 4,69 ha.