Introdução: Este estudo investigou as preferências de aprendizagem dos discentes no Laboratório Morfofuncional (LMF) do curso de medicina. A complexidade dos conceitos morfológicos, a diversidade de estilos de aprendizagem e a resistência à mudança representam desafios para o processo educacional nesse contexto. Método: Foi conduzido um estudo qualitativo descritivo-exploratório. Entrevistas semiestruturadas foram realizadas com 29 discentes do LMF. Os dados foram analisados utilizando a técnica de Análise de Conteúdo. Resultados: Cinco classes temáticas emergiram da análise, abordando: 1) a influência do ambiente no interesse em aprender, 2) os recursos preferenciais de aprendizagem, 3) aspectos experienciais da aprendizagem, 4) métodos avaliativos, 5) percepções das dificuldades de aprendizagem no LMF. Os discentes valorizaram um ambiente tranquilo e harmonioso, recursos como livros, videoaulas e atividades práticas, experiências de aprendizagem interativas e desafiadoras, métodos avaliativos dinâmicos e a presença e orientação dos professores. No entanto, algumas dificuldades foram relatadas, incluindo a sobrecarga de tarefas, a falta de conexão entre os sistemas estudados e o ambiente de estudo como fator de distração. Conclusão: Compreender as preferências de aprendizagem dos discentes pode informar práticas educacionais mais eficazes no LMF, promovendo uma experiência de aprendizado mais satisfatória. A integração de recursos diversificados, métodos de ensino dinâmicos e uma interação mais próxima entre professores e discentes podem ajudar a atender às necessidades individuais e maximizar o engajamento e o desempenho dos alunos neste contexto de ensino baseado em problemas.