O aumento dos gastos com saúde, afeta mais os países em desenvolvimento, sobretudo em função do envelhecimento populacional, da inflação dos custos médicos e da polarização econômica e social. Um dos maiores desafios para o gestor público, em especial de saúde, consiste em buscar ganhos de eficiência, já que os recursos são escassos. Referente aos hospitais universitários, a complexidade do atendimento assistencial é agravada pelo acréscimo das atividades de ensino e pesquisa. A criação da Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares (EBSERH) em 2011 implementou a gestão empresarial, onde se acentua a pressão por eficiência. Nesse contexto, o estudo avalia a eficiência do atendimento assistencial nos hospitais universitários federais geridos pela EBSERH. Foi procedida a Análise por Envoltória de Dados (DEA), Modelo BCC (Banker-Charnes-Cooper), com orientação para outputs, para o cálculo da eficiência dos 40 hospitais que mantêm contrato com a EBSERH. Foram aplicados correlação e testes de médias sobre os dados de 2018. Os resultados indicam que 10 hospitais são eficientes, sendo seis localizados na Região Nordeste. Dentre os cinco hospitais com os mais baixos níveis de eficiência, incluem-se os dois do Rio de Janeiro. A taxa de mortalidade foi a variável que apresentou o maior potencial de melhoria, requerendo mais atenção dos gestores. Não foi identificada correlação significante entre a eficiência nos hospitais e a porcentagem de despesas custeadas por fontes de receitas próprias e do SUS. Além disso, observou-se uma diferença entre o nível de eficiência nos hospitais universitários de maior porte e o daqueles de menor porte.