O artigo busca refletir sobre o processo de desmantelamento da política territorial brasileira voltada ao desenvolvimento rural e a emergência localizada de uma política territorial de conservação da biodiversidade, considerando o contexto dos territórios do litoral e dos campos de cima da serra no sul do Brasil. Nesses territórios, as territorialidades dos atores do campo, a segurança alimentar e nutricional e os manejos dos ecossistemas nativos e da sociobiodiversidade se destacaram como temáticas centrais para o desenvolvimento rural sustentável. Ao longo do processo de desmantelamento do Programa de Desenvolvimento Sustentável dos Territórios Rurais, em 2016, as dinâmicas em curso tiveram continuidade a partir da constituição e implementação dos Planos de Ação Nacional para Espécies Ameaçadas de Extinção, com enfoque territorial, configurando-se nas primeiras experiências para a constituição de uma política territorial de conservação da biodiversidade. Esse processo ocorreu concomitantemente à dizimação de políticas intersetoriais e participativas, em especial àquelas voltadas à agricultura familiar, povos e comunidades tradicionais. A partir da análise da transição entre as políticas territoriais, passando do enfoque de desenvolvimento rural sustentável para o ambiental, percebe-se que os espaços de participação social, quando apropriados pelos diferentes atores, dinamizam processos em curso nos territórios, os quais são intrinsecamente relacionados a dinâmicas históricas, territoriais e identitárias.