Objetivos. Determinar la prevalencia de infección y de sobreprotección para virus hepatitis B (HVB) en niños indígenas residentes en tres cuencas de la Amazonía peruana. Materiales y métodos. Se realizó un estudio transversal analítico en tres cuencas hidrográficas (ríos Pastaza, Morona y Bajo Urubamba), donde habitan seis pueblos indígenas: shapra, candoshi, machiguengas, yine, ashaninka y nanti. Se incluyeron niños menores de 5 años. Se aplicó una encuesta y revisión del carné de vacunación, y se obtuvo una muestra de suero que se procesó con la técnica de ELISA para detectar HBsAg, anti-HBc total y anti-HBs, definiendo "niños seroprotegidos" si fueron reactivos al anti-HBs y no reactivos al anti-HBc. Resultados. Se incluyó un total de 742 niños menores de 5 años residentes en seis comunidades indígenas, donde 380 (51,2%) eran varones y 169 (22,9%) de un año a menos. Sobre la vacunación contra HVB registrado por carné, solo 434 (58,5%) había recibido tres dosis; 208 (38,8%) recibieron la primera dosis en las primeras 24 h. No se detectaron casos con HBsAg. El 88,8% de los niños había seroconvertido, con variaciones según la población indígena entre 67 a 100% de seroconversión. Conclusiones. No se detectaron casos de infección crónica para HVB en la población evaluada. La cobertura de la vacunación mediante revisión del carné es baja en contraste el promedio de seroconversión que es alto.