BIAdb: A curated database of benzylisoquinoline alkaloids

Singla, Deepak; Sharma, Arun; Kaur, Jasjit; Panwar, Bharat; Raghava, Gajendra P. S.

doi:10.1186/1471-2210-10-4

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“…Anticancerous alkaloids along with their targets (including Topo I and II) were collected from available literature and databases of plant secondary metabolites, namely, a naturally occurring plant‐based anticancer compound activity target database (NPACT) and a database for benzylisoquinoline alkaloids (BIAdb) .…”

Section: Methodsmentioning

confidence: 99%

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DNA topoisomerase‐directed anticancerous alkaloids: ADMET‐based screening, molecular docking, and dynamics simulation

Singh

Das

Awasthi

et al. 2015

Biotech and App Biochem

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Topoisomerases (Topo I and II) have been looked as crucial targets against various types of cancers. In the present paper, 100 anticancerous alkaloids were subjected to in silico absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity (ADMET) analyses to investigate their pharmacokinetic properties. Out of 100 alkaloids, only 18 were found to fulfill all the ADMET descriptors and obeyed the Lipinski's rule of five. All the 18 alkaloids were found to dock successfully within the active site of both Topo I and II. A comparison of the inhibitory potential of 18 screened alkaloids with those of selected drugs revealed that four alkaloids (oliveroline, coptisine, aristolactam, and piperine) inhibited Topo I, whereas six alkaloids (oliveroline, aristolactam, anonaine, piperine, coptisine, and liriodenine) inhibited Topo II more strongly than those of their corresponding drugs, topotecan and etoposide, respectively, with oliveroline being the outstanding. The stability of the complexes of Topo I and II with the best docked alkaloid, oliveroline, was further analyzed using 10 nSec molecular dynamics simulation and compared with those of the respective drugs, namely, topotecan and etoposide, which revealed stabilization of these complexes within 5 nSec of simulation with better stability of Topo II complex than that of Topo I.

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Section: Methodsmentioning

confidence: 99%

“…Chemical properties and mol files of the selected alkaloid were retrieved from the Pubchem databases . FDA‐approved topoisomerase‐targeted known inhibitors (drugs), namely, topotecan for Topo I and etoposide for Topo II , were also taken from Pubchem database .…”

Section: Methodsmentioning

confidence: 99%

DNA topoisomerase‐directed anticancerous alkaloids: ADMET‐based screening, molecular docking, and dynamics simulation

Singh

Das

Awasthi

et al. 2015

Biotech and App Biochem

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“…8 NPs, such as bile acids, steroids, and flavonoids, are included. • The recently published Benzylisoquinoline Alkaloids database (BIAdb, 846 entries) contains information about benzylisoquinoline alkaloids with entries in term of their source and type of function (Singla et al, 2010). It is tightly integrated with Drugpedia and available online.…”

Section: Np Databases From Literature Sourcesmentioning

confidence: 99%

In Silico‐Guided Strategies for the Discovery and Rationalization of Bioactive Natural Products

Pfisterer

Schuster

Rollinger

et al. 2014

Encyclopedia of Analytical Chemistry

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The identification of bioactive natural products is a multidisciplinary research field. One methodology used in this research environment is the application of computational (virtual) screening. In silico screening allows for focusing experimental efforts on promising plant material and constituents. Starting from the chemical structures of natural products in the form of 3D multiconformational databases, virtual screening methods predict potentially active compounds within the screened database. For this task docking, pharmacophore‐based screening, 2D similarity searches, quantitative structure–activity relationship (QSAR) modeling, and neural networks can be employed. A procedure for selecting the most promising virtual hits for further analyses is described. In addition, bioactivity profiling and activity rationalization strategies are shown. Finally, also the limits of the virtual approaches are discussed. This chapter gives an overview of virtual screening applications in the field of natural product research. In addition, selected examples and strategies are described in detail.

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“…Já os derivados da tirosina são as feniletilaminas, os tetraidroisoquinolínicos e os benzilisoquinolínicos (Singla et al, 2010).…”

Section: Objetivos Específicosunclassified

“…Os estudos clínicos mostram alguns destes metabólitos como aprovados para usos medicinais e outros ainda sendo testados em distintas fases (Singla et al, 2010).…”

Section: Figura 4 Diversidade Estrutural Dos Esqueletos Dos Alcaloidunclassified

Atividades biológicas dos alcaloides de Annona crassiflora Mart.

Hidalgo¹

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Nossa lealdade é para as espécies e para o planeta. Nossa obrigação de sobreviver não é apenas para nós, mas também para esse antigo e vasto cosmos a partir do qual derivamos Carl Sagan AgradecimentosA professora Déborah por me receber no Brasil, tanto orientadora como conselheira, sempre presente para escutar, guiar e compartilhar experiências.Ao Professor Marcelo Pena pelo conhecimento transmitido, o tempo dedicado nos fundamentos dos métodos espectrométricos e a boa atitude para resolver duvidas.À Paula Novaes pela ajuda no desenvolvimento dos ensaios fitotóxicos, além de estar preste a colaborar.À Mourisa que sempre está cuidando do laboratório e dos alunos que nele trabalham.À Aline pela ajuda no ajuste dos métodos desenvolvidos nos cromatógrafos.Ao Leandro por estar disposto a ajudar.Às queridas Priscila, que me ajudou bastante, em especial no uso do laboratório e no desenvolvimento de distintas metodologias usadas neste projeto, e Alice pelas dicas estatísticas, as conversas sobre espectrometria de massas e os momentos compartilhados.Aos meus amigos formados neste processo com os quais compartilhei trabalho e experiencias fora do laboratório Lucas, Wilton, Dalila, Cristiane, Cinthia, Carmen, Fernanda Anselmo, Janayna.Aos professores Antonio Salatino, Maria Luiza Salatino e Claudia Furlan, que estiveram abertos a ajudar quando fosse necessário.Ao Luís Doín pela amizade criada nestes anos no Brasil, as conversas, as músicas, as viagens e a paciência.A Natalia e Ricardo por me recever ao inicio deste processo na sua casa e me mostrar um pouco de como é São Paulo.Aos mis amigos de Piracicaba, em especial Amparo, Jake e Gaucho, com vocês compartilhei muitas experiências.A Camila Z, amiga de longo tempo com a qual sempre me sinto como em casa. E a Luana , uma grande amiga com um enorme coração.À querida Lina, minha luz no caminho, pela paciência nos días longos no laboratório, pelas palavras de ánimo, pelo carinho. Os dois aprendimos muito neste tempo no Brasil.Aos meus pais Edgar e Martha por dedicar a vida a minhãs irmãs e a mim, sempre dando carinho, sempre atentos, amo vocês e cada día sinto saudades.À minhas irmãs Ximena e Erika, meus cunhados Ignacio e Fabián e meus sobrinhos David, Isaac e Pablo porque dão a força para estar longe de casa e seguir superando barreiras culturais levando vocês no coração.Por ultimo e não menos importante, ao Brasil, a cada pessoa que encontrei nestes dois anos e fizeram desta experiência algo inesquescível Introdução geralAs plantas medicinais na história humana e seu metabolismo secundário Na busca de sustento e de suprir as necessidades de sobrevivência, os seres humanos têm usado a natureza como fonte de alimento, bem como uma fonte de produtos para curar ou aliviar doenças. Os primórdios do uso das plantas medicinais pelo homem foram instintivos como os animais, dado que na época não havia informações sobre quais plantas usar e para qual O conhecimento sobre as plantas específicas a serem utilizadas e os métodos de aplicação foram transmitidos através da história de f...

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BIAdb: A curated database of benzylisoquinoline alkaloids

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DNA topoisomerase‐directed anticancerous alkaloids: ADMET‐based screening, molecular docking, and dynamics simulation

DNA topoisomerase‐directed anticancerous alkaloids: ADMET‐based screening, molecular docking, and dynamics simulation

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Atividades biológicas dos alcaloides de Annona crassiflora Mart.

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