El uso de plantas medicinales ha sido de gran importancia desde la antigüedad en todas las culturas. En Ecuador, la población aún usa de forma habitual plantas de forma terapéutica, como es el caso de los habitantes de Muisne, cantón localizado en la provincia de Esmeraldas. En esta investigación se realizó el estudio farmacognóstico preliminar de dos especies nativas de Esmeraldas (Ocimum micranthum y Eupatorium odoratum), a través de su análisis macromorfológico, micromorfológico, pruebas fisicoquimicas cualitativas y cuantitativas. Además, se llevó a cabo el estudio etnobotánico de estas especies. Se evidenció cualitativamente que Ocimum micranthum presenta aceites, saponinas, lactonas, cumarinas, triterpenos, esteroides, azúcares reductores, resinas, aminoácidos libres o aminas y mucílagos. En el caso de Eupatorium odoratum presentó aceites, grasas, resinas, azúcares reductores, aminoácidos libres, mucílagos triterpenos y esteroides. En consecuencia, estas dos especies presentan un potencial destacable para posteriores estudios farmacológicos.