El objetivo de esta investigación fue determinar cuál es la frecuencia con la que se abordan temas de prioridad nacional en investigación en las tesis universitarias en Puno, Perú. Es un estudio transversal y observacional en 482 tesis aprobadas entre 2016 y 2018 de las facultades de medicina (25,10 %), enfermería (46,47 %), nutrición (18,46 %) y psicología (9,95 %) de universidades de Puno. Encontramos una proporción mayor de trabajos descriptivos (56,84 %) con diseño no experimental (90,45 %). Las prioridades que se abordaron fueron salud mental (7,05 %), recursos humanos (6,22 %), malnutrición y anemia (18,87 %), mortalidad materna, perinatal y neonatal (4,77 %), tuberculosis (1,86 %), cáncer (5,80 %), hipertensión arterial, dislipidemias y enfermedades cardiovasculares (3,52 %), políticas y gestión en salud (0,41 %), diabetes mellitus (7,46 %) e infecciones respiratorias y neumonías (5,60 %). Los accidentes de tránsito no se han considerado en este grupo. Concluimos que más del 50 % de las tesis de las universidades de Puno abordan una prioridad de investigación en salud.