Rambutan (Nephelium lappaceum L.) merupakan salah satu tanaman tropis Indonesia yang mempunyai banyak potensi ekonomi sebagai upaya diversitas buah-buahan. Pelestarian plasma nutfah rambutan perlu dilakukan lebih lanjut baik secara kualitas maupun kuantitas. Metode RAPD digunakan untuk memperoleh informasi mengenai keragaman genetik antar jenis tanaman rambutan. Penelitian dilakukan menggunakan metode RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) dengan 20 primer. Hasil penelitian menunjukkan bahwa seleksi 20 primer menghasilkan 5 primer terbaik yaitu (OPD 2, OPD 5, OPD 6, OPD 10, OPD 12), pada ukuran 50-2000 bp dengan total 48 pita (42 pita polimorfik dan 6 pita monomorfik). Tingkat polimorfisme keragaman antar jenis rambutan sebesar 86,24%. Hasil uji dendogram UPGMA menunjukkan adanya keragaman genetik yang tergolong tinggi pada rambutan. Terbentuk dua klaster utama dengan tingkat kesamaan antara 56-77%. Rambutan jenis Rapiah berkerabat dekat dengan Sibatuk Ganal sebesar 77%.