El Bosque de Prosperina es un área protegida ubicada en la ciudad de Guayaquil-Ecuador donde existe una gran diversidad de plantas, animales y, últimamente, microorganismos que contribuyen a su conservación y mantenimiento. Las muestras de suelo recogidas en las estaciones de Cuevas, Cañas y FCV durante la estación seca se analizaron mediante métodos microbiológicos convencionales. Como resultado, se identificaron 38 especies, y en cada estación se obtuvieron 16, 16 y 16, respectivamente. Los géneros más frecuentes encontrados en las tres estaciones son Aspergillus, Penicillium, Trichoderma y Absidia, con menor frecuencia Fusarium, Cladosporium, Talaromyces, Cur-vularia, Humicola, Gongronella, Clonostachys y Mariannea. Se crioconservaron 38 cepas de hongos filamentosos en la Colección de Cultivos de microorganismos del CIBE (CCM-CIBE), de las cuales 36 eran especies únicas. Los resultados obtenidos sugieren que las especies encontradas. Su desplazamiento puede verse afectado por factores naturales y humanos. Además, confirmamos microorganismos biocontroladores como Purpureocillium, un nematófago y Cladosporium que, pueden tener un alto potencial en actividades de biorremediación de im-portancia para la agricultura y recuperación de suelos, lo que corrobora que el Bosque de Protección es una rica fuente de microorganismos con una gran reputación para su conservación.
Palabras clave: Bosque Protector, microdiversidad del suelo, biocontrol, conservación.