The spread of COVID-19 cases is very fast, affecting all sectors. One of these sectors is educational institutions. In order for the learning process to continue, an online  learning system was implemented. Online  learning causes an increase in sitting rather than standing, activity in front of a smartphone or laptop. The purpose of this study is to identify eye fatigue and MSDs complaints in students at three study programs, Industrial Engineering, DIV-Health Promotion and Management. The data was collected through an online  survey of students. This study used a descriptive analysis research design with a cross sectional approach with the number of respondents 55 students. The results showed that eye fatigue was mostly experienced with sore eyes as many as 35 students (63.63%). Then followed by headaches as many as 34 people (61.81%) and watery eyes as many as 23 people (41.81%). Meanwhile, the majority of MSDs complaints among students were at the waist as many as 34 people (61.8%), on the upper neck as many as 33 people (60%) and on the lower neck as many as 25 people (45.5%). Penyebaran yang kasus COVID-19 yang sangat cepat, berdampak terhadap semua sektor. Salah satu sektor tersebut adalah institusi pendidikan. Agar proses pembelajaran tetap berjalan, maka dilaksanakan sistem pembelajaran daring. Pembelajaran daring menyebabkan terjadinya peningkatan aktivitas duduk daripada berdiri, aktivitas di depan smartphone atau laptop. Selain itu, pembelajaran daring dapat meningkatkan kelelahan mata karena aktivitas di depan smartphone atau laptop. Tujuan dari penelitian ini yaitu mengidentifikasi kelelahan mata dan keluhan MSDs pada mahasiswa di tiga program studi yaitu Program Studi Teknik Industri, Program Studi DIV-Promosi Kesehatan dan Program Studi Manajemen. Pengumpulan data dilakukan melalui survei secara daring terhadap mahasiswa. Penelitian ini menggunakan desain penelitian analisis deskriptif dengan pendekatan cross sectional dengan jumlah responden 55 orang mahasiswa. Hasil penelitian didapatkan keluhan kelelahan mata yang paling banyak dialami oleh responden adalah mata perih sebanyak 35 orang mahasiswa (63,63%). Kemudian diikuti keluhan sakit kepala sebanyak 34 orang (61,81%) dan mata berair sebanyak 23 orang (41,81%). Sedangkan untuk keluhan MSDs pada mahasiswa adalah mayoritas pada bagian pinggang sebanyak 34 orang (61,8%), pada bagian leher atas sebanyak 33 orang ( 60%) dan pada bagian leher bawah sebanyak 25 orang (45,5%).