Cooperação e aversão à iniquidade: discussões teóricas e dados experimentais

Suarez, Carla Jordão

doi:10.11606/t.47.2020.tde-08012020-165910

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“…In this work, we have focused on kinetics and the MFPT, but haMSMs can provide mechanistic insight in the same way that MSMs are often used to elucidate pathways and mechanisms in biomolecular processes. 33,44,57,58 We expect that the short lag times and granular structural detail of the haMSMs developed here will allow more realistic determination of kinetic pathways and mechanisms 59 complementing the unbiased rate determination. We speculate that the identification of structural states/pathways which are low direct weight during the transient regime, but important for the SS folding process, are key to the capability of haMSMs with fine structural detail to estimate the SS distributionsee comparison of transient and SS distributions for the 2D system in Fig.…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 96%

Accelerated Estimation of Long-Timescale Kinetics from Weighted Ensemble Simulation via Non-Markovian “Microbin” Analysis

Copperman

Zuckerman

2020

J. Chem. Theory Comput.

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The weighted ensemble (WE) simulation strategy provides unbiased sampling of non-equilibrium processes, such as molecular folding or binding, but the extraction of rate constants relies on characterizing steady state behavior. Unfortunately, WE simulations of sufficiently complex systems will not relax to steady state on observed simulation times. Here we show that a postsimulation clustering of molecular configurations into "microbins" using methods developed in the Markov State Model (MSM) community, can yield unbiased kinetics from WE data before steadystate convergence of the WE simulation itself. Because WE trajectories are directional and not equilibrium-distributed, the history-augmented MSM (haMSM) formulation can be used, which yields the mean first-passage time (MFPT) without bias for arbitrarily small lag times. Accurate kinetics can be obtained while bypassing the often prohibitive convergence requirements of the non-equilibrium weighted ensemble. We validate the method in a simple diffusive process on a 2D random energy landscape, and then analyze atomistic protein folding simulations using WE molecular dynamics. We report significant progress towards the unbiased estimation of protein folding times and pathways, though key challenges remain.

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Section: Discussionmentioning

confidence: 96%

Accelerated Estimation of Long-Timescale Kinetics from Weighted Ensemble Simulation via Non-Markovian “Microbin” Analysis

Copperman

Zuckerman

2020

J. Chem. Theory Comput.

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“…Figura 1 -Tela de instruções inicial da tarefa experimental (Suarez, 2019)...............................25 Figura 2 -Disposição dos cartões para as escolhas e matriz com contagem dos pontos acumulados das rodadas (Suarez, 2019) Figura 3 -Indicação da distribuição de pontos da primeira Fase (Suarez, 2019)........................27 Figura 4 -Tela apresentada ao final da Fase de Equidade, indicando a alteração na matriz de pontos (Suarez, 2019) Figura 5 -Tela apresentada ao final de todas as Fases, mostrando a contagem total de pontos recebidos por cada participante, retirada do software ProgRCI (Suarez, 2019) Um indivíduo se comporta socialmente quando, em conjunto com uma ou mais pessoas, interage com um ambiente em comum (Skinner, 1953(Skinner, /2003. Há situações em que os reforços requerem a presença de outras pessoas, o reforço social.…”

Section: Lista De Figurasunclassified

“…Figura 5: Tela apresentada ao final de todas as fases, mostrando a contagem total de pontos recebidos por cada participante, retirada do software ProgRCI (Suarez, 2019) A experimentadora perguntava se o participante possuía dúvidas com relação à tarefa.…”

Section: Tarefa Experimentalunclassified

“…Figura 2 -Disposição dos cartões para as escolhas e matriz com contagem dos pontos acumulados das rodadas(Suarez, 2019)....................................................................................25…”

unclassified

“…Figura 5 -Tela apresentada ao final de todas as Fases, mostrando a contagem total de pontos recebidos por cada participante, retirada do software ProgRCI(Suarez, 2019).........................28…”

unclassified

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Estereótipos e racismo contra amarelos: identificação e análise por meio da aversão à desigualdade

Tanaka

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Há muitas pessoas pelas quais gostaria de agradecer e que acompanharam a minha trajetória no Mestrado. Corro o risco de não as nomear em sua totalidade, no entanto, gostaria de destacar aquelas que surgem em minha memória quando busco pelas lembranças desses pouco mais de dois anos.Primeiramente, agradeço a minha mãe e meu pai, que me criaram com liberdade para fazer minhas escolhas, que sempre me apoiaram nas decisões e que estiveram junto em cada uma delas.Ao meu orientador, Marcelo, por ter aceitado me orientar, se interessado no tema que propus desde o início e me incentivado em cada etapa deste desafio que é o fazer-ciência.Ao Matheus, por estar junto em todos os processos de mudança (que não foram poucos e nem simples), ser fonte de apoio e humor no dia a dia. Ao Lucas, Mari, Letícia e Ayla por todo o carinho. Obrigada por tudo.À família Matsuri Daiko, especialmente das filiais Londrina e Liberdade, por tudo que aprendi e aprendo com vocês. Cada dia que se passa eu tenho mais certeza de que, desde a primeira vez que nos encontramos, nos tornamos irmãos. いちゃりばちょーでー Ao Marcos, pela generosidade em partilhar os seus conhecimentos estatísticos nas minhas mais variadas (e extensas) demandas e pela presença nos momentos mais turbulentos.Aos meus amigos do laboratório, por toda a ajuda, pelos feedbacks e disponibilidade em me auxiliar sempre que precisei. À Laís, por ser uma amiga tão querida, animada e presente desde o começo.Ao Luiz, Felipe e João Lucas, pela ajuda nas análises.Ao Cesar, pelas ajudas com a literatura e a área, que nunca hesitou em responder alguma dúvida ou me ajudar de alguma forma.A todas as pessoas que me ajudaram nas coletas. Sem vocês não teria conseguido.Aos funcionários do IP que sempre estiveram à disposição para tirar minhas dúvidas e me ajudar no que estavam em seus alcances (e até gentilmente me forneceram cadeira e café enquanto estava aguardando durante as minhas coletas).À Aya, Xan, Ti e Gabs, por terem vibrado e acompanhado minhas loucuras e decisões de última hora -que, no final, deram certo -, e por serem companhia nas descobertas que ainda faremos pelo Brasil todo.Ao Yuji Shimada, por ser um amigo tão presente há tanto tempo e por me acolher em São Paulo.À Camis e Karol, por estarem sempre comigo, não importa a circunstância. À Jé, Helô, Amanda e Gui, por toda a caminhada da graduação até os dias de hoje.Ao Júnior, meu psicoterapeuta, por ter sido fonte incondicional de acolhimento e por ter promovido reflexões tão importantes para mim. Seu trabalho é excepcional e fico feliz de existir um profissional tão comprometido como você.Às Prof. Camila Muchon e Mariana, por terem me guiado nos primeiros passos como pesquisadora. Aos professores GersonTomanari, Martha Hübner e Paula Debert, pelas aulas e por todo o conhecimento compartilhado. Às pessoas que conheci e construí amizades nesses dois anos de USP, em especial à Nath, Roberto, Dani e Andreone. À CAPES, pelo financiamento deste estudo. "Qualquer discriminação é imoral e lutar contra ela é um dever por mais que se reconheça a f...

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Cooperação e aversão à iniquidade: discussões teóricas e dados experimentais

Abstract: Capítulo 5-Construindo uma linha de base para investigação de como interações sociais podem modular a aversão à iniquidade .

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Accelerated Estimation of Long-Timescale Kinetics from Weighted Ensemble Simulation via Non-Markovian “Microbin” Analysis

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