Introdução: Pacientes internados em unidade de terapia intensiva (UTI) estão mais suscetíveis ao desenvolvimento de infecções hospitalares, as quais podem ser originadas a partir de focos infecciosos presentes na cavidade oral ou pela ausência de higienização adequada. Objetivo: Avaliar a condição oral e relacionar com as alterações da microbiota durante a permanência dos pacientes internados na unidade de terapia intensiva de um hospital universitário. Métodos: Trata-se de um estudo quantitativo experimental. Foram avaliados 64 pacientes quanto a condição de higiene oral, dados clínicos e coletas microbiológicas realizadas em três momentos distintos: C1, C2 e C3, correspondentes à 24, 72 e 168 horas após à internação. O material coletado foi submetido a sete testes microbiológicos para identificação dos microrganismos presentes. Resultados: O exame clínico apresentou índice de higiene oral simplificado alto em todos os momentos, 25% com cárie ativa, 17% com raízes residuais e 11% com outros focos de infecção. Mais de 50% apresentaram algum grau de ressecamento da mucosa em C1 e nas coletas posteriores se manteve ou aumentou. Quanto ao exame microbiológico foram identificadas 25 colônias distintas de microrganismos, dentre elas Candida sp., Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Proteus mirabilis e Enterobacter, microrganismos com potencial patogênico quando encontrados na cavidade oral. Conclusão: Os fatores clínicos do paciente como o alto índice de higiene oral, presença de focos infecciosos e ressecamento das mucosas associados aos microorganismos com potencial patogênico encontrados na cavidade bucal evidenciam a importância da higiene bucal nas unidades de terapia intensiva, para que com a diminuição do biofilme bucal seja reduzida a quantidade e a patogenicidade destes microrganismos. Reduzindo a ocorrência de infecções nosocomiais, principalmente a pneumonia associada à ventilação mecânica, que consequentemente podem gerar maior permanência do paciente em ambiente hospitalar.