O presente estudo tem como objetivo analisar o comportamento dos custos e desempenho nas IFES brasileiras, antes, durante e após o Programa REUNI, o qual contempla os custos de 53 Universidades Federais, no período compreendido entre 2000 e 2021. Para tal, realizou-se, inicialmente, uma análise descritiva dos dados, para conhecimento do comportamento dos custos; em seguida, dividiu-se em três intervalos de tempo que indicam as três fases de implementação do REUNI para aplicação do Teste T independente de Student no sentido de verificar as variações entre as médias dos períodos analisados. Por fim, utilizou-se o método de Análise Envoltória de Dados para avaliação de eficiência das universidades anualmente. As análises dos dados de orçamento relacionados às variáveis de Educação permitiram observar o crescimento proporcionado ao ensino superior durante o período de vigência do Programa. Complementarmente, o período anterior à implantação do REUNI apresenta valor significativamente menor em relação às contas pessoal, encargos e benefícios sociais, outras despesas correntes, despesa de capital e total do orçamento executado, em comparação ao período que compreendeu a execução do Programa. Entretanto, quanto à análise de eficiência, os dois anos que antecederam o início do REUNI, 2006 e 2007, bem como os anos iniciais do Programa, são os mais ineficientes.